PRECEDENT · 2023두34637 판례

양도소득세부과처분취소

대법원 · 2023-06-29 · 선고 · 사건번호 2023두34637

판결 요지

출처 · 원문 발췌

[1] 구 소득세법 제104조의3 제1항, 구 소득세법 시행령 제168조의6 등 법문에서 정한 요건과 기준을 충족하는 토지는 원칙적으로 양도소득세 중과세 대상인 비사업용 토지에 해당하는지 여부(적극) / 법령상의 제한 등 비사업용 토지의 제외사유에 관한 증명책임의 소재(=납세의무자) 및 그와 같은 제외사유에 해당하는지 판단하는 방법 / 구 소득세법 제104조의3 제2항 및 구 소득세법 시행령 제168조의14 제1항 제1호에서 정한 ‘법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지’ 또는 소득세법 시행규칙 제83조의5 제1항 제12호에서 정한 ‘도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지’의 의미 및 이에 해당하는지 판단하는 기준 [2] 甲이 도시개발사업 실시계획이 인가되어 환지예정지로 지정·공고된 토지를 매도한 후 관할 세무서장에게 일반누진세율과 장기보유 특별공제를 적용하여 양도소득세를 신고·납부하였으나, ‘위 토지는 비사업용 토지에 해당하여 양도소득세 산정 시 장기보유 특별공제를 배제하고 중과세율을 적용하여야 한다.’는 세무조사 결과에 따라 관할 세무서장이 양도소득세를 경정·고지한 사안에서, 위 토지는 비사업용 토지 제외사유로서 구 소득세법 제104조의3 제2항, 구 소득세법 시행령 제168조의14 제1항 제1호에서 규정한 ‘법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지’에 해당한다고 보기 어려우므로, 이와 달리 본 원심판결에 법리오해의 잘못이 있다고 한 사례

본문

이유·상세 판단

[1] 구 소득세법(2016.12.20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제104조 제1항 제8호, 제104조의3 제1항, 제2항, 구 소득세법 시행령(2021.1.5. 대통령령 제31380호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제168조의6, 제168조의14 제1항, 소득세법 시행규칙 제83조의5 제1항의 입법 취지와 문언 내용 및 체계 등을 종합하여 보면, 구 소득세법 제104조의3 제1항, 구 소득세법 시행령 제168조의6 등 법문에서 정한 요건과 기준을 충족하는 토지는 원칙적으로 양도소득세 중과세 대상인 비사업용 토지에 해당하고, 법령상의 제한 등 비사업용 토지의 제외사유에 관하여는 이를 주장하는 납세의무자에게 증명책임이 있다고 할 것인데, 그와 같은 제외사유에 해당하는지는 비사업용 토지에 대한 양도소득세 중과제도의 입법 취지에 비추어 사안별로 신중하고 엄격하게 판단하여야 한다. 그리고 구 소득세법 제104조의3 제2항 및 구 소득세법 시행령 제168조의14 제1항 제1호에서 정한 ‘법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지’ 또는 소득세법 시행규칙 제83조의5 제1항 제12호에서 정한 ‘도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지’란 토지의 용도에 따른 통상적인 제한의 범위를 넘어 특별히 사용이 제한된 토지를 의미한다고 할 것인바, 이에 해당하는지는 토지의 본래 용도에 따른 사용의 제한 여부를 원칙적인 기준으로 하되, 토지의 취득 목적과 실제 이용현황 및 본래 용도의 변경가능성 등도 아울러 고려하여 개별적으로 판단하여야 한다. [2] 甲이 도시개발사업 실시계획이 인가되어 환지예정지로 지정·공고된 토지를 매도한 후 관할 세무서장에게 일반누진세율과 장기보유 특별공제를 적용하여 양도소득세를 신고·납부하였으나, ‘위 토지는 비사업용 토지에 해당하여 양도소득세 산정 시 장기보유 특별공제를 배제하고 중과세율을 적용하여야 한다.’는 세무조사 결과에 따라 관할 세무서장이 양도소득세를 경정·고지한 사안에서, 위 토지는 사실상의 현황은 물론 공부상의 등재현황 모두 지목이 ‘전’으로서 甲도 그 지목이 ‘전’임을 전제로 제3자로 하여금 이를 경작하게 하였다고 밝힌 바 있으므로, 특별한 사정이 없는 한 구 소득세법(2016.12.20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제104조의3 제1항 제1호 (나)목 본문에서 정한 도시지역 안의 농지로서 비사업용 토지에 해당하는 점, 위 토지를 양도할 때까지 실제 다른 용도로 사용하기 위하여 그 형질을 변경하거나 지상에 건축물을 신축하려는 어떠한 시도나 노력을 하였다고 볼 만한 뚜렷한 사정이 없어, 당시 위 토지가 적법한 다른 용도로 전환·사용될 가능성은 상당히 낮았던 것으로 보이고, 막연한 추상적인 용도변경의 가능성만으로 위 토지가 그 용도에 따른 통상적인 제한의 범위를 넘어 특별히 사용이 금지 또는 제한된 경우에 해당한다고 평가하기 어려워, 본래 용도인 농지로의 사용 제한 여부를 기준으로 ‘특별히 사용이 제한된 토지’인지를 판단하여야 하는 점, 도시개발법 시행령 제16조 제3항, 도시개발법 시행규칙 제12조에 따르면, 농산물의 생산에 직접 이용되는 비닐하우스 등 간이공작물의 설치, 경작을 위한 토지의 형질변경, 일정한 범위에서의 토석채취, 관상용 죽목의 임시 식재 등은 시장 등의 허가 없이도 적법하게 할 수 있고 도시개발구역의 지정·고시만으로 기존 농지의 계속적인 사용을 금지·제한하는 효력이 생기는 것은 아니므로, 위 토지가 도시개발구역으로 지정되어 건축행위 등이 제한된다는 사정만으로 그 본래 용도인 경작용 농지로서의 사용까지 금지 또는 제한되는 것이라고 보기 어려운 점 등을 종합하면, 위 토지는 비사업용 토지 제외사유로서 구 소득세법 제104조의3 제2항, 구 소득세법 시행령(2021.1.5. 대통령령 제31380호로 개정되기 전의 것) 제168조의14 제1항 제1호에서 규정한 ‘법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지’에 해당한다고 보기 어려우므로, 이와 달리 본 원심판결에 법리오해의 잘못이 있다고 한 사례.

관련 법령

[1] 구 소득세법(2016.12.20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것) 제104조 제1항 제8호, 제104조의3 제1항, 제2항, 구 소득세법 시행령(2021.1.5. 대통령령 제31380호로 개정되기 전의 것) 제168조의6, 제168조의14 제1항, 소득세법 시행규칙 제83조의5 제1항 / [2] 구 소득세법(2016.12.20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것) 제104조 제1항 제8호, 제104조의3 제1항, 제2항, 구 소득세법 시행령(2021.1.5. 대통령령 제31380호로 개정되기 전의 것) 제168조의6, 제168조의7, 제168조의14 제1항, 소득세법 시행규칙 제83조의5 제1항, 도시개발법 제3조, 제4조, 제17조, 도시개발법 시행령 제16조 제3항, 도시개발법 시행규칙 제12조

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소득세법 시행규칙 제83조의5문서 기준 시행본 · 시행 2010-07-01

제83조의5(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등) ①영 제168조의14제1항제4호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제104조의3제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. 다만, 부동산매매업(한국표준산업분류에 따른 건물건설업 및 부동산공급업을 말한다)을 영위하는 자가 취득한 매매용부동산에 대하여는 제1호 및 제2호를 적용하지 아니한다. <개정 2009.4.14> 1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 당해 사업과 관련된 인가ㆍ허가(건축허가를 포함한다. 이하 같다)ㆍ면허 등을 신청한 자가 「건축법」 제18조 및 행정지도에 따라 건축허가가 제한됨에 따라 건축을 할 수 없게 된 토지 : 건축허가가 제한된 기간 2. 토지를 취득한 후 법령에 따라 당해 사업과 관련된 인가ㆍ허가ㆍ면허 등을 받았으나 건축자재의 수급조절을 위한 행정지도에 따라 착공이 제한된 토지 : 착공이 제한된 기간 3. 사업장(임시 작업장을 제외한다)의 진입도로로서 「사도법」에 따른 사도 또는 불특정다수인이 이용하는 도로 : 사도 또는 도로로 이용되는 기간 4. 「건축법」에 따라 건축허가를 받을 당시에 공공공지(公共空地)로 제공한 토지 : 당해 건축물의 착공일부터 공공공지로의 제공이 끝나는 날까지의 기간 5. 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)한 토지 : 당해 토지의 취득일부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간(천재지변, 민원의 발생 그 밖의 정당한 사유로 인하여 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간을 포함한다) 6. 저당권의 실행 그 밖에 채권을 변제받기 위하여 취득한 토지 및 청산절차에 따라 잔여재산의 분배로 인하여 취득한 토지 : 취득일부터 2년 7. 당해 토지를 취득한 후 소유권에 관한 소송이 계속(係屬) 중인 토지 : 법원에 소송이 계속되거나 법원에 의하여 사용이 금지된 기간 8. 「도시개발법」에 따른 도시개발구역 안의 토지로서 환지방식에 따라 시행되는 도시개발사업이 구획단위로 사실상 완료되어 건축이 가능한 토지 : 건축이 가능한 날부터 2년 9. 건축물이 멸실ㆍ철거되거나 무너진 토지 : 당해 건축물이 멸실ㆍ철거되거나 무너진 날부터 2년 10. 거주자가 2년 이상 사업에 사용한 토지로서 사업의 일부 또는 전부를 휴업ㆍ폐업 또는 이전함에 따라 사업에 직접 사용하지 아니하게 된 토지 : 휴업ㆍ폐업 또는 이전일부터 2년 11. 천재지변 그 밖에 이에 준하는 사유의 발생일부터 소급하여 2년 이상 계속하여 재촌(영 제168조의8제2항의 규정에 따른 재촌을 말한다)하면서 자경(영 제168조의8제2항의 규정에 따른 자경을 말한다. 이하 이 호에서 같다)한 자가 소유하는 농지로서 농지의 형질이 변경되어 황지(荒地)가 됨으로써 자경하지 못하는 토지 : 당해 사유의 발생일부터 2년 12. 당해 토지를 취득한 후 제1호 내지 제11호의 사유 외에 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지 : 당해 사유가 발생한 기간 ②영 제168조의14제2항제3호의 규정에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지에 대하여는 해당 각 호에서 규정한 날을 양도일로 보아 영 제168조의6의 규정을 적용하여 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. 1. 한국자산관리공사에 매각을 위임한 토지 : 매각을 위임한 날 2. 전국을 보급지역으로 하는 일간신문을 포함한 3개 이상의 일간신문에 다음 각 목의 조건으로 매각을 3일 이상 공고하고, 공고일(공고일이 서로 다른 경우에는 최초의 공고일)부터 1년 이내에 매각계약을 체결한 토지 : 최초의 공고일 가. 매각예정가격이 영 제167조제5항의 규정에 따른 시가 이하일 것 나. 매각대금의 100분의 70이상을 매각계약 체결일부터 6월 이후에 결제할 것 3. 제2호의 규정에 따른 토지로서 동호 각 목의 요건을 갖추어 매년 매각을 재공고(직전 매각공고시의 매각예정가격에서 동 금액의 100분의 10을 차감한 금액 이하로 매각을 재공고한 경우에 한한다)하고, 재공고일부터 1년 이내에 매각계약을 체결한 토지 : 최초의 공고일 ③ 영 제168조의14제3항제1호의2에서 "8년 이상 기획재정부령으로 정하는 토지소재지에 거주하면서 직접 경작한 농지ㆍ임야ㆍ목장용지"란 다음 각 호의 토지를 말한다. <신설 2009.4.14> 1. 8년 이상 농지의 소재지와 같은 시ㆍ군ㆍ구(자치구를 말한다. 이하 이 항에서 같다), 연접한 시ㆍ군ㆍ구 또는 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내에 있는 지역에 사실상 거주하면서 주민등록이 되어 있는 자가 「조세특례제한법 시행령」 제66조제12항에 따른 자경을 한 농지 2. 8년 이상 임야의 소재지와 같은 시ㆍ군ㆍ구, 연접한 시ㆍ군ㆍ구 또는 임야로부터 직선거리 20킬로미터 이내에 있는 지역에 사실상 거주하면서 주민등록이 되어 있는 자가 소유한 임야 3. 8년 이상 축산업을 영위하는 자가 소유하는 목장용지로서 영 별표 1의3에 따른 가축별 기준면적과 가축두수를 적용하여 계산한 토지의 면적 이내의 목장용지 ④영 제168조의14제3항제5호에서 "기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다. <개정 2006.4.10, 2008.4.29, 2009.4.14> 1. 공장의 가동에 따른 소음ㆍ분진ㆍ악취 등으로 인하여 생활환경의 오염피해가 발생되는 지역 안의 토지로서 그 토지소유자의 요구에 따라 취득한 공장용 부속토지의 인접토지 2. 2006년 12월 31일 이전에 이농한 자가 「농지법」 제6조제2항제5호에 따라 이농당시 소유하고 있는 농지로서 2009년 12월 31일까지 양도하는 토지 3. 「기업구조조정 촉진법」에 따른 부실징후기업과 채권금융기관협의회가 같은 법 제10조에 따라 해당 부실징후기업의 경영정상화계획 이행을 위한 약정을 체결하고 그 부실징후기업이 해당 약정에 따라 양도하는 토지(2008년 12월 31일 이전에 취득한 것에 한정한다. 이하 이 항에서 같다) 4. 채권은행 간 거래기업의 신용위험평가 및 기업구조조정방안 등에 대한 협의와 거래기업에 대한 채권은행 공동관리절차를 규정한 「채권은행협의회 운영협약」에 따른 관리대상기업과 채권은행자율협의회가 같은 협약 제19조에 따라 해당 관리대상기업의 경영정상화계획 이행을 위한 특별약정을 체결하고 그 관리대상기업이 해당 약정에 따라 양도하는 토지 5. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제39조에 따라 산업시설구역의 산업용지를 소유하고 있는 입주기업체가 산업용지를 같은 법 제2조에 따른 관리기관(같은 법 제39조 각 호의 유관기관을 포함한다)에 양도하는 토지 6. 「농촌근대화촉진법」(법률 제4118호로 개정되기 전의 것)에 따른 방조제공사로 인한 해당 어민의 피해에 대한 보상대책으로 같은 법에 따라 조성된 농지를 보상한 경우로서 같은 법에 따른 농업진흥공사로부터 해당 농지를 최초로 취득하여 8년 이상 직접 경작한 농지. 이 경우 제3항제1호에 따른 농지소재지 거주요건은 적용하지 아니한다. ⑤제1항제11호의 규정을 적용받고자 하는 자는 법 제105조 또는 제110조의 규정에 따른 양도소득세 과세표준 신고기한 내에 납세지 관할 세무서장에게 별지 제92호서식의 천재지변 등으로 인한 농지의 비사업용토지 제외신청서에 형질변경사실확인원 그 밖에 특례적용대상임을 확인할 수 있는 서류를 첨부하여 제출하여야 한다. <개정 2006.7.5, 2009.4.14> 1. 삭제<2006.7.5> 2. 삭제<2006.7.5> 3. 삭제<2006.7.5> ⑥제5항에 따라 신청서를 제출받은 납세지 관할세무서장은 「전자정부법」 제21조제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통하여 다음 각 호의 서류를 확인하여야 하며, 신청인이 확인에 동의하지 아니하는 경우에는 그 서류를 첨부하도록 하여야 한다. <신설 2006.7.5, 2008.4.29, 2009.4.14> 1. 주민등록표 등본 2. 토지등기부 등본 또는 토지대장 등본

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