수정수입세금계산서재발급거부처분취소

甲 주식회사가 미국 법인 乙 회사와 라이선스 계약을 체결하고 로열티를 지급하고 있는 丙 유한회사와 위탁수입계약을 체결한 후 물품을 수입하여 丙 회사에 전부 공급하면서, 로열티를 물품의 과세가격에 가산하여 관세 및 부가가치세를 신고·납부해 오다 통관지 세관장에게 로열티에 상당하는 세액의 환급을 구하는 경정청구를 하였고, 통관지 세관장이 이를 인용하는 감액경정을 하였는데, 丁 세관장이 甲 회사에 대하여 관세조사를 한 후 로열티가 물품의 과세가격에 가산되어야 한다며 관세 및 부가가치세 증액경정을 하였고, 이에 따른 세금을 납부한 甲 회사에 경정·납부된 부가가치세 세액에 대하여 수정수입세금계산서가 발급되었으나, 감사원이 甲 회사가 경정청구 과정에서 위탁수입계약이 종료되었다고 사실과 다르게 설명하는 등 甲 회사에 귀책사유가 있다며 수정수입세금계산서의 발급을 취소하도록 요구함에 따라, 戊 세관장이 증액경정에 따른 부가가치세에 대한 각 수정수입세금계산서의 발급을 취소하자, 甲 회사가 위 각 수정수입세금계산서의 재발급을 신청하였으나 戊 세관장이 이를 거부한 사안에서, 甲 회사가 경정청구 과정에서 위탁수입계약이 종료되었다고 명시적으로 주장한 사실은 없고, 위탁수입계약에는 계약시행일만 기재되어 있을 뿐 계약존속기간이나 종료일은 기재되어 있지 않으며, 가격합의서에는 위탁수입계약의 존속을 전제로 甲 회사와 丙 회사 사이에서 배송료 등을 산정하기 위한 세부 항목이 기재되어 있을 뿐이어서, 이를 위탁수입계약이 종료된 후 새로 체결된 계약으로 보기도 어려우므로, 甲 회사가 통관지 세관장의 요구에 따라 위와 같은 서류를 제출하였다는 사정만으로 통관지 세관장으로 하여금 위탁수입계약이 종료되었다는 착오를 일으켰다고 할 수 없는 점 등을 종합하면, 증액경정의 대상이 된 甲 회사의 물품에 관한 수입신고는 실지조사권을 가진 세관장이 경정청구를 심사한 후 인용한 당초 감액경정에 따른 것이므로, 그 후 이에 관하여 증액경정이 있었더라도 당초 감액경정에 따라 수입신고를 한 甲 회사에게 구 부가가치세법(2015.12.15. 법률 제13556호로 개정되기 전의 것) 제35조 제2항 제2호 (다)목에서 말하는 귀책사유가 있다고 볼 수 없음에도 이와 달리 본 원심판단에 법리오해의 잘못이 있다고 한 사례.

구 관세법(2014.12.23. 법률 제12847호로 개정되기 전의 것) 제30조 제1항 제4호, 제38조의3 제2항, 제4항, 구 부가가치세법(2015.12.15. 법률 제13556호로 개정되기 전의 것) 제35조 제1항, 제2항 제2호 (다)목