부가가치세부과처분취소

각종 차량 및 부분품의 제조·판매업을 영위하는 회사인 甲 주식회사가 같은 자동차 기업집단에 속한 계열회사인 乙 주식회사와 공동연구개발 약정을 체결하여 직전 사업연도 매출액 비율에 따라 기술개발과 관련하여 발생한 전체 공동경비[전체공동경비는 인건비 등 내부비용과 외부비용(연구비)로 구분되고, 외부비용은 부가가치세 과세대상 지출뿐만 아니라 면세대상 지출 등도 포함되어 있다]를 분담하고, 분담비율을 초과하여 지출한 금액에 대하여 상대방으로부터 정산금을 지급받았는데, 甲 회사가 연구비 중 부가가치세 과세대상 지출과 관련된 매입세액 전부를 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고·납부하자, 관할 세무서장이 연구비 중 과세대상 지출만을 기준으로 직전 사업연도 매출액 비율에 따라 안분하여 甲 회사의 분담비율을 초과하는 금액을 산정한 다음, 초과금액은 사업과 직접 관련이 없는 지출에 해당한다는 이유로 매입세액 중 해당 금액에 대한 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 부과한 사안에서, 부가가치세의 매입세액 공제 범위와 관련하여 구 부가가치세법 시행령 제60조 제3항에 의하여 준용되는 구 법인세법 시행령 제48조에서의 공동경비는 연구비 중 부가가치세 과세대상인 지출에 한정된다는 이유로, 연구비 중 부가가치세 과세대상 지출만을 기준으로 甲 회사의 매출액 비율에 따라 분담금액을 산출하고, 이를 초과하는 금액에 대한 매입세액을 불공제한 위 처분이 적법하다고 본 원심판단이 정당하다고 한 사례