①수산시험 및 연구사업을 지역별로 관장하게 하기 위하여 원장 소속으로 수산연구소를 둔다. <개정 2020. 12. 29.>
②수산연구소에 소장 각 1명을 두며, 동해ㆍ서해ㆍ남해수산연구소장은 고위공무원단에 속하는 일반직 또는 연구직 공무원으로 임명하되, 그 직위의 직무등급은 나등급으로, 남동해수산연구소장은 과학기술서기관ㆍ해양수산연구관 또는 환경연구관으로, 아열대수산연구소장은 해양수산연구관 또는 환경연구관으로 임명한다. <개정 2008. 12. 30., 2010. 2. 26., 2015. 10. 16., 2020. 12. 29., 2023. 8. 1., 2023. 8. 30.>
③동해ㆍ서해ㆍ남해수산연구소에 연구지원과ㆍ기후환경자원과 및 양식산업과를 둔다. <개정 2009. 4. 30., 2010. 2. 26., 2015. 10. 16., 2023. 8. 1.>
④연구지원과장은 해양수산사무관ㆍ공업사무관ㆍ전산사무관ㆍ방송통신사무관 또는 행정사무관으로, 기후환경자원과장 및 양식산업과장은 해양수산연구관 또는 환경연구관으로 임명한다. <개정 2009. 10. 1., 2010. 2. 26., 2015. 10. 16., 2023. 8. 1., 2023. 8. 30.>
⑤연구지원과장은 다음 사항을 맡는다. <개정 2008. 3. 7.>1. 인사ㆍ서무ㆍ예산ㆍ회계ㆍ용도ㆍ국유재산 및 물품관리(소속 연구센터 소관사항을 포함한다. 이하 같다)2. 수산과학조사선의 운영ㆍ관리 <개정 2018. 3. 5.>3. 삭제 <2015. 10. 16.>4. 선박ㆍ정보화 및 일반보안 관리에 관한 사항 <신설 2009. 4. 30.>5. 그 밖에 소내 다른 과의 주관에 속하지 않는 사항
⑥기후환경자원과장은 다음 사항을 맡는다. <개정 2023. 8. 1.>1. 해역별 수산자원의 동태 및 생물ㆍ생태 조사ㆍ연구 <개정 2017. 2. 28.>2. 해역별 수산자원 관리 및 회복에 관한 조사ㆍ연구 <개정 2017. 2. 28.>3. 해역별 해양관측(남해수산연구소는 남동해수산연구소 관할해역을 포함한다) 및 해양 환경변동 조사ㆍ연구 <개정 2015. 10. 16., 2020. 12. 29.>4. 해역별 해양환경 보전 및 개선에 관한 연구 <개정 2023. 8. 1.>5. 해역별 유해생물 발생 및 해황ㆍ어황 변동에 관한 연구6. 해역별 기후변화 및 해양환경 특성연구 <개정 2023. 8. 1.>7. 수산공학에 관한 조사 연구(서해수산연구소만 해당한다) <개정 2020. 12. 29., 2023. 8. 1.>[전문개정 2010. 2. 26.]
⑦양식산업과장은 다음 사항을 맡는다. <개정 2015. 10. 16.>1. 해역별 특산종의 양식 기술개발에 관한 연구2. 양식어장 개발ㆍ관리에 관한 연구3. 주요 양식대상종의 보존을 위한 연구4. 해역별 수산생물의 질병 연구에 관한 사항 <개정 2021. 3. 2.>5. 해역별 패류생산해역 안전성 평가 및 수산물 위생안전에 관한 조사ㆍ연구 <개정 2019. 2. 26., 2023. 8. 1.>6. 삭제 <2015. 10. 16.>7. 해역별 현안 해결에 관한 조사ㆍ연구 <신설 2012. 3. 26.>[전문개정 2010. 2. 26.]
⑧남동해수산연구소장은 다음 사항을 맡는다.1. 인사ㆍ서무ㆍ예산ㆍ회계ㆍ용도ㆍ국유재산 및 물품관리 <개정 2015. 10. 16.>2. 수산과학조사선의 운영ㆍ관리 <개정 2018. 3. 5.>3. 삭제 <2015. 10. 16.>4. 선박ㆍ정보화 및 일반보안 관리5. 삭제 <2017. 2. 28.>6. 삭제 <2017. 2. 28.>7. 해역별 연안어장 환경변동 조사 <개정 2020. 12. 29.>8. 해역별 어장환경 보전 및 개선에 관한 연구9. 해역별 유해생물 발생 및 해황 변동에 관한 연구 <개정 2017. 2. 28.>10. 해역별 특산종의 양식 기술개발에 관한 연구11. 양식어장 개발ㆍ관리에 관한 연구12. 수산생물의 먹이 개발 및 대량생산에 관한 연구13. 주요 양식대상종의 보존을 위한 연구14. 삭제 <2021. 3. 2.>15. 해역별 수출용 패류생산 지정해역 안전성 평가 및 위생협정 지원에 관한 조사ㆍ연구 <개정 2023. 8. 1.>16. 해역별 내수용 패류생산해역 안전성 평가 및 수산물 안전에 관한 조사ㆍ연구 <개정 2023. 8. 1.>17. 해역별 현안 해결에 관한 조사ㆍ연구 <개정 2017. 2. 28., 2020. 12. 29.>[전문개정 2010. 2. 26.]
⑨아열대수산연구소장은 다음 사항을 맡는다. <신설 2015. 10. 16.><개정 2023. 8. 1.>1. 인사ㆍ서무ㆍ예산ㆍ회계ㆍ용도ㆍ국유재산 및 물품관리2. 해역별 수산자원의 동태 및 생물ㆍ생태 조사ㆍ연구 <개정 2017. 2. 28., 2023. 8. 1.>3. 해역별 수산자원의 관리 및 회복에 관한 조사ㆍ연구 <개정 2017. 2. 28., 2023. 8. 1.>4. 제주연근해 해양환경 변동 조사 및 기후변화 영향 연구 <개정 2023. 8. 1.>5. 제주연근해 해ㆍ어황 변동에 관한 연구 <개정 2023. 8. 1.>6. 주요 양식대상종의 보존을 위한 연구7. 미래전략 양식 대상종의 양식 기술개발에 관한 연구8. 삭제 <2021. 3. 2.>9. 해역별 현안 해결에 관한 조사ㆍ연구 <개정 2020. 12. 29.>
⑩삭제 <2020. 12. 29.>
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