제9조(환급신청 및 환급절차)
①법 제105조의2제2항의 규정에 따라 기자재를 공급하는 일반과세자는 동조제1항의 규정에 의한 기자재를 판매하고 세금계산서를 교부하는 경우에는 당해 기자재의 품목과 수량을 각각 구분하여 표시하여야 한다.
②농어민등은 법 제105조의2제3항에 따른 환급대행자(이하 "환급대행자"라 한다)를 통하여 환급을 받으려는 경우에는 제7조에 따른 기자재의 구입일 또는 수입신고일이 속하는 분기말 또는 그 다음 분기말의 다음달 10일까지 재정경제부령으로 정하는 농ㆍ임ㆍ어업용기자재부가가치세환급대행신청서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 재정경제부령으로 정하는 자에게 신청해야 한다. <개정 2002.12.30, 2008.2.29, 2012.2.2, 2015.2.3, 2025.12.30, 2026.2.27>
1.세금계산서
2.다음 각 목의 구분에 따른 서류(매년 최초로 환급을 신청하는 경우로 한정한다)
가.제2조제1항제3호의 법인인 경우: 국세청장이 고시하는 바에 따라 교부하는 농어민등확인서
[['나. 개인인 경우: 다음의 어느 하나에 해당하는 자료(환급대행자의 조합원인 경우는 제외한다)', ' 1) 통ㆍ이장 또는 어촌계장의 확인을 받은 농어민등확인서', ' 2) 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제4조에 따라 국립농산물품질관리원장 또는 산림청장으로부터 발급받은 농업경영체 등록확인서나 지방해양수산청장으로부터 발급받은 어업경영체 등록확인서(환급신청일부터 3개월 이내에 발급받은 것으로 한정한다)']]
③제2항의 규정에 따라 환급신청을 받은 환급대행자는 농어민등의 환급대행신청기한 종료일부터 15일 이내에 재정경제부령이 정하는 농ㆍ임ㆍ어업용기자재부가가치세환급신청서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 환급대행자의 관할 세무서장에게 환급을 신청하여야 한다. <개정 2005.2.19, 2008.2.29, 2013.6.28, 2015.2.3, 2025.12.30>
1.환급신청자가 「부가가치세법」ㆍ「소득세법」 또는 「법인세법」에 의한 사업자인 경우에는 「부가가치세법」 제54조에 따른 매입처별세금계산서합계표
2.환급신청자가 제1호외의 자인 경우에는 재정경제부령이 정하는 매입세금계산서합계표
3.재정경제부령이 정하는 환급신청명세서
④제8조에 해당하는 자는 법 제105조의2제3항 단서에 따라 관할 세무서장에게 직접 환급을 신청하려는 경우에는 제7조에 따른 기자재의 구입일 또는 수입신고일이 속하는 분기말 또는 그 다음 분기말의 다음달 25일까지 재정경제부령으로 정하는 농ㆍ임ㆍ어업용기자재부가가치세환급신청서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 사업장 관할 세무서장에게 신청해야 한다. <개정 2002.12.30, 2005.2.19, 2008.2.29, 2012.2.2, 2013.6.28, 2015.2.3, 2025.12.30, 2026.2.27>
1.「부가가치세법」 제54조에 따른 매입처별세금계산서합계표
2.다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 서류(개인인 사업자로서 매년 최초로 환급을 신청하는 경우로 한정한다)
가.통ㆍ이장, 어촌계장 또는 수산업협동조합장의 확인을 받은 경작확인서 또는 조업확인서
나.제2항제2호나목2)의 서류
⑤제2항 내지 제4항의 규정에 따라 환급신청을 받은 관할 세무서장은 환급신청기간 종료일부터 20일 이내에 환급하여야 한다.
⑥환급대행자는 환급세액을 받은 날부터 5일 이내에 환급대행을 신청한 농어민등에게 이를 지급하여야 한다. 이 경우 제13조의 규정에 의한 환급대행수수료를 차감하고 지급할 수 있다. <개정 2015.2.3>
⑦환급대행자는 제3항의 규정에 따라 부가가치세 환급신청을 하는 때에는 재정경제부령이 정하는 부가가치세환급관리대장을 작성ㆍ비치하여야 하며, 동 관리대장 및 제1항 각호의 서류를 5년간 보관하여야 한다. <개정 2008.2.29, 2025.12.30>