제31조(보호수면의 지정)
①해양수산부장관은 법 제46조제1항에 따라 직권으로 보호수면을 지정하려면 미리 국립수산과학원장 및 해당 수면을 관할하는 시ㆍ도지사의 의견을 들어야 한다. <개정 2013.3.23>
②시장ㆍ군수ㆍ구청장은 법 제46조제1항에 따라 보호수면의 지정을 받으려면 보호수면 지정신청서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 시ㆍ도지사에게 제출하여야 한다.
1.보호수면으로 지정받으려는 수면의 구역도
2.해당 시ㆍ도를 관할 구역으로 하는 국립수산과학원 소속 수산연구소장이 작성한 수산자원 실태조사 보고서
③시ㆍ도지사 또는 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 법 제46조제3항에 따라 보호수면 지정의 해제를 신청하려면 보호수면 지정해제신청서를 해양수산부장관 또는 시ㆍ도지사에게 제출하여야 한다. <개정 2013.3.23>
④해양수산부장관은 제3항에 따라 시ㆍ도지사로부터 보호수면 지정해제신청서를 받으면 국립수산과학원장의 의견을 들은 후 보호수면의 지정해제 여부를 결정하여야 한다. 해양수산부장관이 직권으로 보호수면의 지정을 해제하려는 경우에도 또한 같다. <개정 2013.3.23>
⑤시ㆍ도지사가 하는 보호수면의 지정 및 지정해제에 관하여는 제1항 및 제4항을 준용한다. 이 경우 "해양수산부장관"은 "시ㆍ도지사"로, "시ㆍ도지사"는 "시장ㆍ군수ㆍ구청장"으로, "국립수산과학원장"은 "수산연구소장"으로 본다. <개정 2013.3.23>
⑥해양수산부장관 또는 시ㆍ도지사는 법 제46조제1항 또는 같은 조 제3항에 따라 보호수면을 지정하거나 그 지정을 해제하였을 때에는 해양수산부장관, 관할 시ㆍ도지사 또는 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 그 사실을 통보하여야 한다. <개정 2013.3.23>