국세기본법 제39조 (출자자의 제2차 납세의무)
이 법령의 자료
이 법령의 취지
이 법은 국세에 관한 기본적이고 공통적인 사항과 납세자의 권리ㆍ의무 및 권리구제에 관한 사항을 규정함으로써 국세에 관한 법률관계를 명확하게 하고, 과세(課稅)를 공정하게 하며, 국민의 납세의무의 원활한 이행에 이바지함을 목적으로 한다. <개정 2016.12.20>
조문 요약
무한책임사원으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원. 합명회사의 사원.
출자자의 제2차 납세의무농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률과점주주과점조합원사원합계특수관계인대통령령
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1. 조문 원문
제39조(출자자의 제2차 납세의무) 법인(대통령령으로 정하는 증권시장에 주권이 상장된 법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세 및 강제징수비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주 또는 제3호에 따른 과점조합원의 경우에는 그 부족한 금액을 그 법인의 발행주식 총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주 또는 과점조합원이 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액(제3호 단서의 경우 그 부족한 금액과 과점조합원 간에 정한 손익분배비율을 곱한 금액으로 한다)을 한도로 한다. <개정 2013.5.28, 2014.12.23, 2018.12.31, 2020.12.22, 2024.12.31, 2025.3.14>
1.무한책임사원으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원
가.합명회사의 사원
나.합자회사의 무한책임사원
2.주주 또는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행 주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들(이하 "과점주주"라 한다)
가.합자회사의 유한책임사원
나.유한책임회사의 사원
다.유한회사의 사원
3.「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제16조에 따른 영농조합법인 또는 영어조합법인의 조합원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 출자액의 합계가 해당 조합의 출자총액의 100분의 50을 초과하는 자들(이하 "과점조합원"이라 한다). 다만, 조합원 간에 손익분배비율을 정한 경우로서 그 손익분배비율이 출자액의 비율과 다른 경우에는 조합원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 손익분배비율의 합계가 100분의 50을 초과하는 자들을 과점조합원으로 한다.
2. 조문 관계도
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3. 위계·연결 법령
하위 위임 규정 · 이 조문
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4. 연결 자산
판례 · 28건
전체 28건 →제2차납세의무지정처분취소등
[1] 법인의 과점주주 등이 부담하는 제2차 납세의무에 대해서는 주된 납세의무와 별도로 부과제척기간이 진행하고, 부과제척기간은 특별한 사정이 없는 한 이를 부과할 수 있는 날인 제2차 납세의무가 성립한 날로부터 5년간으로 봄이 상당하다. 한편 제2차 납세의무가 성립하기 위하여는 주된 납세의무자의 체납 등 그 요건에 해당하는 사실이 발생하여야 하므로 그 성립시기는 적어도 ‘주된 납세의무의 납부기한’이 경과한 이후라고 할 것이다. [2] 과세관청이 甲 주식회사에 대한 당초 법인세 부과처분을 직권취소하고 새로운 법인세 부과처분을 한 뒤 甲 회사가 이를 체납하자 甲 회사의 과점주주인 乙을 제2차 납세의무자로 지정하고 그에게 새로운 법인세 부과처분의 체납세액과 이에 대한 가산금, 중가산금 중 乙의 주식지분비율에 해당하는 금액을 부과하는 처분을 한 사안에서, 당초 법인세 부과처분은 과세관청이 이를 직권으로 취소한 이상 제2차 납세의무 성립의 전제가 되는 주된 납세의무에 관한 부과처분이라고 할 수 없고, 乙의 제2차 납세의무에 대한 부과제척기간은 빨라야 새로운 법인세 부과처분의 납부기한 다음날부터 5년이 경과한 때 만료하므로, 그 전에 乙에 대하여 이루어진 위 처분은 부과제척기간 내에 이루어진 것으로서 적법하다고 본 원심판단을 수긍한 사례.
제39조 제1항 제2호 근거 · 검증판례 상세 →
부가가치세부과처분취소
구 국세기본법(2008. 12. 26. 법률 제9263호로 개정되기 전의 것) 제39조 제1항 제2호 (가)목 규정의 입법 취지와 개정 경과 등에 비추어 보면, 위 규정에서 말하는 ‘100분의 50을 초과하는 주식에 관한 권리 행사’에 해당하기 위해서는 현실적으로 주주권을 행사한 실적은 없더라도 적어도 납세의무 성립일 당시 소유하고 있는 주식에 관하여 주주권을 행사할 수 있는 지위에는 있어야 한다. 따라서 납세의무 성립일 당시 주주권을 행사할 가능성이 없었던 경우에는 위 규정에 의한 제2차 납세의무를 지지 않는다.
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법인세경정거부처분취소
부실채권정리기금은 법인으로 보는 단체에 해당해 분배금의 익금 귀속시기는 2009 사업연도라고 보아 경정청구 거부처분이 적법하다고 인정한 판례입니다.
제39조 제1항 근거 · 검증판례 상세 →
종합부동산세등부과처분취소
[1] 구 국세기본법(2011. 12. 31. 법률 제11124호로 개정되기 전의 것) 제39조 제1항 제2호 (가)목은 소유주식 합계가 해당 법인의 발행주식 총수의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 과점주주는 제2차 납세의무를 진다고 규정하고 있고, 제2차 납세의무의 성립요건인 해당 법인의 과점주주 여부는 해당 법인의 납세의무 성립일을 기준으로 판단한다. 한편 구 상법(2015. 12. 1. 법률 제13523호로 개정되기 전의 것) 제530조의10은 “분할 또는 분할합병으로 인하여 설립되는 회사 또는 존속하는 회사는 분할하는 회사의 권리와 의무를 분할계획서 또는 분할합병계약서가 정하는 바에 따라서 승계한다.”라고 규정하고 있고, 채무자 회생 및 파산에 관한 법률(이하 ‘채무자회생법’이라 한다) 제272조 제1항은 회생계획에 의하여 주식회사인 채무자가 분할되거나 주식회사인 채무자 또는 그 일부가 다른 회사 또는 다른 회사의 일부와 분할합병할 것을 정한 때에는 회생계획에 의하여 분할 또는 분할합병할 수 있다고 하면서 제4항은 그 경우에 구 상법 제530조의10의 적용을 배제하고 있지 않으므로, 회생회사의 분할로 인하여 설립되는 신설회사는 회생계획이 정하는 바에 따라서 회생회사의 권리와 의무를 승계한다. 이와 같이 회생계획에 의하여 설립되는 신설회사가 승계하는 회생회사의 권리와 의무에는 성질상 이전이 허용되지 않는 것을 제외하고는 사법상 관계와 공법상 관계 모두가 포함된다고 보아야 한다. …
제39조 제1항 제2호 근거 · 검증판례 상세 →
법인세등부과처분취소
국세기본법 제39조 본문은 “법인의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세·가산금과 체납처분비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다.”라고 규정하고 있다. 그중 국세기본법 제39조 제2호(이하 ‘위 조항’이라 한다)에 의하여 제2차 납세의무를 지는 자는 주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령이 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하는 이른바 과점주주이면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들을 말한다. 국세기본법 제39조에 규정된 제2차 납세의무는 조세징수의 확보를 위하여 원래의 납세의무자인 법인의 재산에 대하여 체납처분을 하여도 징수하여야 할 조세에 부족이 있다고 인정되는 경우에 사법질서를 어지럽히는 것을 최소화하면서 실질적으로 법인의 운영을 지배할 수 있는 출자자에 한하여 법인으로부터 징수할 수 없는 액을 한도로 하여 보충적으로 납세의무를 부담케 하는 제도이다. 한편 위 조항의 취지는, 회사의 경영을 사실상 지배하는 실질적인 운영자인 과점주주는 회사의 수익은 자신에게 귀속시키고 손실은 회사에 떠넘김으로써 회사의 법인격을 악용하여 이를 형해화시킬 우려가 크므로 이를 방지하여 실질적인 조세평등을 이루려는 데 있다. 그러나 과점주주의 제2차 납세의무는 사법상 주주 유한책임의 원칙에 대한 중대한 예외로서 본래의 납세의무자가 아닌 제3자에게 보충적인 납세의무를 부과하는 것이기 때문에 그 적용 요건을 엄격하게 해석하여야 한다. …
제39조 제2호 인용 · 검증판례 상세 →
법인세징수처분등취소
독일 투자펀드 자금으로 국내 부동산임대법인 주식을 취득한 독일 법인에 지급된 배당소득은 그 법인이 수익적 소유자이므로 한독 조세조약상 5% 제한세율이 적용된다고 판단한 판례입니다.
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법령해석 · 1건
충청남도 논산시 - 제2차 납세의무자에 해당하는 자에게 행정대집행 비용을 징수할 수 있는지 여부(「행정대집행법」 제6조제1항 등 관련)
이 사안의 경우, 행정청은 「행정대집행법」 제6조제1항을 근거로 「국세징수법」 제7조제1항제1호의 예에 따라 과점주주 등 제2차 납세의무자에 해당하는 자에게 대집행 비용을 징수할 수 없습니다.
「국세기본법」 제39조제2호 인용 · 검증법령해석 상세 →
헌재 결정 · 16건
전체 16건 →재판취소
1.한정위헌으로 선고된 구 국세기본법 제39조 제2호를 적용한 법원의 판결이 헌법소원의 대상이 되는지 여부(소극)2.원행정처분을 심판대상으로 삼은 재판이 취소되지 아니하는 경우 원행정처분이 헌법소원의 대상이 되는지 여부(소극)
국세기본법 제39조 제2호 인용 · 검증헌재 결정 목록 →
구 국세기본법 제39조 제1항 위헌소원
가. 비상장법인의 과점주주에게 제2차 납세의무를 부과하는 구 국세기본법 (1998. 12. 28. 법률 제5579호로 개정되고 , 2006. 12. 30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것) 제39조 제1항 제2호 가목 중 “당해 법인의 발행주식총수의 100분의 51이상의 주식에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자”부분(이하 ‘이 사건 법률조항 ’이라 한다)이 과세요건명확주의에 위배되는지 여부(소극) 나. 이 사건 법률조항이 조세평등주의에 위배되거나 재산권을 침해하는지 여부(소극)
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구 국세기본법 제39조 제1항 위헌제청
구 국세기본법(1998. 12. 28. 법률 제5579호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국세기본법’이라 한다) 제39조 제1항 중 ‘법인의 경영을 사실상 지배하는 주주나 당해법인의 발행주식총액의 100분의 51 이상의 주식에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 주주’의 제2차 납세의무의 범위를 당해법인의 체납세액 전부로 정하고 있는 “그 부족액에 대하여”부분(이하 ‘이 사건 법률조항’이라 한다)이 과잉금지의 원칙에 위배되어 재산권을 침해하거나 평등의 원칙에 위배되는지 여부(소극)
제39조 제1항 제2호 근거 · 검증헌재 결정 목록 →
구 국세기본법제39조 제2호위헌소원
유한회사가 납부하여야 할 국세ㆍ가산금과 체납처분비에 대한 제2차 납세의무를 ‘유한책임사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 출자액 합계가 해당 법인의 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들’(이하 ‘과점주주’라 한다)에게 부과하도록 하고 있는 구 국세기본법 제39조 제2호의 ‘법인’ 중 유한회사에 관한 부분(이하 ‘심판대상조항’이라 한다)이 과잉금지원칙에 위배되어 재산권을 침해하는지 여부(소극)
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자주 묻는 질문
국세기본법 제39조는 무엇을 규정합니까?
무한책임사원으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원. 합명회사의 사원.
국세기본법 제39조는 언제 시행된 조문입니까?
이 조문은 2026-07-01 시행된 국세기본법에 따른 현행 조문입니다.
제39조와 관련된 판례·해석은 몇 건입니까?
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