제104조의16(대학 재정 건전화를 위한 과세특례)
①「고등교육법」에 따른 학교법인이 토지 등 대통령령으로 정하는 수익용 기본재산(이하 "토지등 수익용 기본재산"이라 한다)을 양도하고 양도일부터 1년 이내에 다른 토지등 수익용 기본재산을 취득하는 경우 보유하였던 토지등 수익용 기본재산을 양도하여 발생하는 양도차익은 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니할 수 있다. 이 경우 해당 금액은 양도일이 속하는 사업연도 종료일 이후 3년이 되는 날이 속하는 사업연도부터 3개 사업연도의 기간 동안 균분한 금액 이상을 익금에 산입하여야 한다. <개정 2010.12.27, 2014.1.1, 2025.12.23>
②「고등교육법」에 따른 학교법인이 유가증권 등 대통령령으로 정하는 수익용 기본재산(이하 "유가증권등 수익용 기본재산"이라 한다)을 양도하고 양도일부터 1년 이내에 다른 유가증권등 수익용 기본재산을 취득하는 경우 보유하였던 유가증권등 수익용 기본재산을 양도하여 발생하는 양도차익은 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니할 수 있다. <개정 2025.12.23>
③제2항을 적용받은 학교법인이 새로 취득한 유가증권등 수익용 기본재산을 처분하는 경우에는 익금에 산입하지 아니한 금액 중 처분한 유가증권등 수익용 기본재산의 비율에 상당하는 금액으로서 대통령령으로 정하는 방법에 따라 계산한 금액을 그 처분한 날이 속하는 사업연도에 산입하여야 한다. <신설 2025.12.23>
④제1항 또는 제2항을 적용받은 학교법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 경우에는 해당 호에 따른 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 익금에 산입하여야 한다. 이 경우 제33조제3항 후단을 준용한다. <신설 2025.12.23>
1.다른 토지등 수익용 기본재산 또는 유가증권등 수익용 기본재산을 취득하지 아니하는 경우
2.학교법인의 이사장, 이사 또는 대표자가 제1항 또는 제2항에 따라 취득한 다른 토지등 수익용 기본재산 또는 유가증권등 수익용 기본재산과 관련하여 「사립학교법」을 위반하여 같은 법 제73조의2에 따라 징역 또는 벌금형이 확정된 경우
⑤제1항부터 제4항까지를 적용하는 경우 양도차익명세서의 제출, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <개정 2025.12.23>
⑥「고등교육법」에 따른 학교법인이 발행주식총수의 100분의 50 이상을 출자하여 설립한 법인이 해당 법인에 출자한 학교법인에 출연하는 금액(이하 이 항에서 "학교법인 출연금"이라 한다)은 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액을 한도로 손금에 산입한다. <개정 2010.12.27, 2013.1.1, 2014.1.1, 2018.12.24, 2025.12.23>
1.해당 사업연도의 소득금액(「법인세법」 제24조에 따른 기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 말한다)
2.「법인세법」 제13조제1항제1호에 따른 결손금의 합계액 및 같은 법 제24조에 따른 기부금(학교법인 출연금은 제외한다)의 합계액