제54조(배출부과금의 조정)
①기후에너지환경부장관은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 배출부과금을 다시 산정하여 조정하되, 이미 낸 금액과 조정된 금액에 차이가 있는 경우에는 그 차액을 다시 부과하거나 환급하여야 한다. <개정 2025.10.1>
1.제47조제1항제1호부터 제3호까지의 규정에 따른 개선(가동중지 및 전량 위탁처리를 포함한다)기간 만료일, 명령이행완료 예정일, 허가취소일 또는 위반행위 중지일까지 개선ㆍ명령의 이행 또는 위반행위의 중지가 완료되지 아니하거나 그 기간에 개선ㆍ명령의 이행 또는 위반행위의 중지가 완료되어 초과배출부과금 산정의 기초가 되는 수질오염물질의 배출기간이 달라지게 된 경우
2.초과배출부과금의 부과 후 수질오염물질의 배출상태가 처음 측정할 때와 달라졌다고 인정하여 다시 점검한 결과 수질오염물질의 배출량이 처음 측정한 배출량과 다른 경우
3.사업자가 제44조제1항에 따라 제출한 확정배출량의 산정에 착오가 있거나 기후에너지환경부장관이 제50조에 따라 조정한 기준이내배출량이 잘못 조정된 경우
②제1항제1호의 사유로 초과배출부과금을 조정하는 경우에 초과배출부과금을 산정하기 위한 수질오염물질 또는 배출물질의 배출기간은 다음 각 호의 구분에 따른 날까지로 한다. <개정 2025.10.1>
1.제40조제1항에 따른 개선계획서를 제출한 경우: 기후에너지환경부령으로 정하는 개선완료일
2.법 제39조ㆍ제40조ㆍ제42조 또는 법 제44조에 따른 개선명령ㆍ조업정지명령ㆍ사용중지명령ㆍ폐쇄명령을 받은 경우: 법 제45조제1항에 따른 명령의 이행보고를 한 날(법 제45조제2항에 따른 개선완료상태가 확인된 경우만 해당한다)
3.제1호 및 제2호 외의 경우: 법 제38조제1항 각 호에 따른 위반행위의 중지일 또는 법 제42조에 따른 허가취소일
③제1항제2호의 사유로 초과배출부과금을 조정하는 경우에는 재점검일 이후의 기간에 대하여만 다시 측정한 배출량을 기초로 초과배출부과금을 산정한다.
④제1항제1호에 따른 초과배출부과금의 조정부과 또는 환급은 그 배출시설 또는 방지시설에 대한 개선ㆍ명령의 이행완료 또는 위반행위의 중지 여부를 확인받은 날부터 30일 이내에 하여야 한다.
⑤제1항제3호의 사유로 기본배출부과금을 조정하는 경우에는 법 제33조제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 배출시설의 설치허가ㆍ변경허가를 신청하거나 신고ㆍ변경신고를 하였을 때에 제출한 자료, 법 제38조제3항에 따른 배출시설 및 방지시설 운영기록부, 법 제68조에 따른 검사결과 등을 기초로 하여 기본배출부과금을 산정한다.
⑥기후에너지환경부장관은 제1항에 따른 부과 또는 환급을 하는 경우에는 금액, 일시, 장소, 그 밖에 필요한 사항을 서면으로 알려야 한다. <개정 2025.10.1>