조세특례제한법 제104조의10 (해운기업에 대한 법인세 과세표준 계산 특례)
이 법령의 취지
이 법은 조세(租稅)의 감면 또는 중과(重課) 등 조세특례와 이의 제한에 관한 사항을 규정하여 과세(課稅)의 공평을 도모하고 조세정책을 효율적으로 수행함으로써 국민경제의 건전한 발전에 이바지함을 목적으로 한다. <개정 2020.6.9>
1. 공식 조문 원문
①내국법인 중 「해운법」상 외항운송사업의 경영 등 대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 해운기업(이하 이 조에서 "해운기업"이라 한다)의 법인세과세표준은 2029년 12월 31일까지 다음 각 호에 따라 계산한 금액을 합한 금액으로 할 수 있다. <개정 2014.12.23, 2019.12.31, 2024.12.31>
1.외항운송 활동과 관련된 대통령령으로 정하는 소득(이하 이 조에서 "해운소득"이라 한다)에 대해서는 「법인세법」 제13조부터 제54조까지의 규정에도 불구하고 선박별로 다음 계산식을 적용하여 계산한 개별선박표준이익의 합계액(이하 이 조에서 "선박표준이익"이라 한다)
개별선박표준이익 ＝ 개별선박순톤수 × 톤당 1운항일 이익 × 운항일수 × 사용률
2.해운소득 외의 소득(이하 이 조에서 "비해운소득"이라 한다)에 대해서는 「법인세법」 제13조부터 제54조까지의 규정에 따라 계산한 금액
②제1항에 따른 해운기업의 과세표준 계산의 특례(이하 이 조에서 "과세표준계산특례"라 한다)를 적용받으려는 법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 과세표준계산특례 적용을 신청하여야 하며, 과세표준계산특례를 적용받으려는 사업연도부터 연속하여 5개 사업연도(이하 "과세표준계산특례적용기간"이라 한다) 동안 과세표준계산특례를 적용받아야 한다. 다만, 과세표준계산특례를 적용받고 있는 해운기업은 2017년 12월 31일이 속하는 사업연도까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 과세표준계산특례의 적용을 포기할 수 있다. <개정 2016.12.20>
③제1항을 적용할 때 비해운소득에서 발생한 결손금은 선박표준이익과 합산하지 아니하며, 해운소득에 대해서는 이 법, 「국세기본법」 및 조약과 제3조제1항 각 호에 규정된 법률에 따른 비과세, 세액면제, 세액감면, 세액공제 또는 소득공제 등의 조세특례를 적용하지 아니한다.
④해운소득에 「법인세법」 제73조 및 제73조의2에 따라 원천징수된 소득이 포함되어 있는 경우 그 소득에 대한 원천징수세액은 법인세의 산출세액에서 이미 납부한 세액으로 공제하지 아니한다. <개정 2018.12.24>
⑤과세표준계산특례 적용을 받기 전에 발생한 이월결손금은 제1항 각 호의 금액 계산 시 공제하지 아니한다.
⑥과세표준계산특례를 적용받고 있는 법인이 과세표준계산특례적용기간 동안 제1항에 따른 요건을 2개 사업연도 이상 위반하는 경우에는 2회째 위반하게 된 사업연도부터 해당 과세표준계산특례적용기간의 남은 기간과 다음 5개 사업연도 기간은 과세표준계산특례를 적용받을 수 없다.
⑦과세표준계산특례를 적용받는 내국법인이 「법인세법」 제63조의2제1항제2호의 방법으로 중간예납을 하는 경우 중간예납의 과세표준은 제1항부터 제5항까지의 규정에 따라 계산한 금액으로 하고, 같은 법 제63조의2제1항제2호의 계산식에서 감면된 법인세액과 납부한 원천징수세액은 비해운소득과 관련된 부분에 대해서만 적용한다. <개정 2013.1.1, 2018.12.24>
⑧제1항을 적용할 때 톤당 1운항일 이익은 선박톤수, 해운기업의 선박 소유 현황 및 운항소득, 법인세 납부 실적, 외국의 운영 사례 등을 고려하여 톤당 30원을 초과하지 아니하는 범위에서 대통령령으로 정한다. <개정 2024.12.31>
⑨운항일수, 사용률 등 개별선박표준이익의 계산, 과세표준계산특례를 적용받지 아니하고 「법인세법」을 적용받게 되는 경우 각 사업연도 소득의 계산방법, 구분경리 방법 등 과세표준계산특례 적용에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
2. 확인된 조문 연결
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- 함께 인용법인세법 제27조업무와 관련 없는 비용의 손금불산입
- 함께 인용법인세법 제28조지급이자의 손금불산입
- 함께 인용법인세법 제50조교환으로 인한 자산양도차익 상당액의 손금산입
- 함께 인용법인세법 제52조부당행위계산의 부인
- 조문 인용조세특례제한법 시행령 제104조의7
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4. 공식 판례·해석·제재 근거
판례 · 1건
법인세등부과처분취소
[1] 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것) 제52조 제1항, 제2항, 제4항, 구 법인세법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22577호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제88조 제1항 제6호, 제89조 제5항에 의하면, 법인이 특수관계자에게 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율·요율이나 임대료로 대부하거나 제공함으로써 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 이를 부당행위계산으로 보아 시가와의 차액 등을 익금에 산입하도록 하고 있고, 이때 그 시가는 금전 대여의 경우 구 법인세법 시행령 제89조 제3항에 따라, 그 밖의 자산 또는 용역 제공의 경우 구 법인세법 시행령 제89조 제1항, 제2항, 제4항에 따라 각각 달리 계산하도록 하고 있다. 부당행위계산의 유형으로서 금전 대여에 해당하는지 또는 자산·용역 제공에 해당하는지는 거래의 내용이나 형식, 당사자의 의사, 계약체결의 경위, 거래대금의 실질적·경제적 대가관계, 거래의 경과 등 거래의 형식과 실질을 종합적으로 고려하여 거래관념과 사회통념에 따라 합리적으로 판단하여야 한다. [2] 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제27조, 제28조 제1항 제4호 (가)목, 구 법인세법 시행령(2010. 12. 30. …
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