제109조의3(외국인관광객 미용성형 의료용역에 대한 부가가치세 환급 특례)
①법 제107조의3제1항에서 "대통령령으로 정하는 외국인관광객"이란 「외국인관광객 등에 대한 부가가치세 및 개별소비세 특례규정」 제2조제1항에 따른 외국인관광객(이하 이 조에서 "외국인관광객"이라 한다)을 말한다.
②법 제107조의3제1항에서 "대통령령으로 정하는 의료용역"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로서 법 제107조의3제1항에 따른 특례적용의료기관(이하 이 조에서 "특례적용의료기관"이라 한다)에서 공급받은 의료용역 중 「부가가치세법 시행령」 제35조제1호 각 목 외의 부분 단서에 따라 부가가치세가 면제되지 아니하는 의료용역(이하 이 조에서 "환급대상 의료용역"이라 한다)을 말한다. <개정 2016.6.21>
1.「의료 해외진출 및 외국인환자 유치 지원에 관한 법률」 제6조제1항에 따라 등록한 의료기관 또는 같은 조 제2항에 따라 등록한 외국인환자 유치업자가 직접 외국인 관광객을 유치한 경우
2.외국인관광객이 직접 특례적용의료기관에 방문한 경우
③법 제107조의3제2항에 따른 환급창구운영사업자(이하 이 조에서 "환급창구운영사업자"라 한다)의 요건 및 지정 절차에 관하여는 「외국인관광객 등에 대한 부가가치세 및 개별소비세 특례규정」 제5조의2를 준용한다. 이 경우 "면세물품을 구입한 때"는 "환급대상 의료용역을 공급받은 때"로 본다.
④법 제107조의3제3항에 따라 환급청구를 받은 환급창구운영사업자의 부가가치세액의 환급에 관하여는 「외국인관광객 등에 대한 부가가치세 및 개별소비세 특례규정」 제10조의2를 준용한다. 이 경우 "출국항 관할세관장이 확인한 판매확인서"는 "의료용역공급확인서"로, "면세물품을 구입한 때"는 "환급대상 의료용역을 공급받은 때"로, "면세판매자"는 "특례적용의료기관"으로 본다.
⑤환급창구운영사업자는 제4항에 따라 외국인관광객이 환급대상 의료용역을 공급받은 때 부담한 부가가치세액(이하 이 조에서 "환급대상 부가가치세액"이라 한다)을 외국인관광객에게 환급 또는 송금한 경우에는 「외국인관광객 등에 대한 부가가치세 및 개별소비세 특례규정」 제10조의3에 따른 환급 또는 송금한 사실을 증명하는 서류(이하 이 조에서 "환급ㆍ송금증명서"라 한다)를 특례적용의료기관에 송부하여야 한다.
⑥환급창구운영사업자는 외국인관광객에게 환급대상 부가가치세액을 환급 또는 송금한 날이 속하는 분기의 종료일의 다음 달 20일까지 국세청장과 보건복지부장관에게 환급 또는 송금 내역을 각각 제출하여야 한다.
⑦제5항에 따른 환급ㆍ송금증명서를 송부받은 특례적용의료기관의 사업자는 환급대상 부가가치세액을 환급창구운영사업자에게 지급하여야 한다.
⑧특례적용의료기관 사업자는 제5항에 따른 환급ㆍ송금증명서를 송부받은 날이 속하는 과세기간의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 신고하는 때에 환급대상 부가가치세액을 공제받을 수 있다.
⑨특례적용의료기관은 제8항에 따라 환급대상 부가가치세액을 공제받으려는 경우에는 환급ㆍ송금증명서를 송부받은 날이 속하는 과세기간의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 관할 세무서장에게 신고할 때에 재정경제부령으로 정하는 외국인관광객 미용성형 의료용역 환급실적명세서를 첨부하여 제출해야 한다. <개정 2020.2.11, 2025.12.30>
⑩세무서장은 특례적용의료기관의 사업자가 정당한 사유없이 환급창구운영사업자에게 환급대상 부가가치세액을 지급하지 아니한 경우에는 제8항에 따라 공제받은 환급대상 부가가치세액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제하여야 한다.
⑪특례적용의료기관의 사업자가 환급대상 의료용역을 공급한 날부터 3개월이 되는 날이 속하는 달의 다음 달 20일까지 제5항에 따른 환급ㆍ송금증명서를 송부받지 못한 경우에는 환급대상 부가가치세액 공제를 적용하지 아니한다.
⑫법 제107조의3제4항에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. <개정 2020.2.11>
1.특례적용의료기관이 사실과 다른 법 제107조의3제2항에 따른 의료용역공급확인서(이하 이 조에서 "의료용역공급확인서"라 한다)를 교부 또는 전송하여 외국인관광객이 부가가치세액을 환급받은 경우
2.환급대상 의료용역에 해당하지 아니함에도 불구하고 특례적용의료기관이 의료용역공급확인서를 교부 또는 전송하여 외국인관광객이 부가가치세액을 환급받은 경우
⑬제1항부터 제12항까지에서 규정한 사항 외에 특례적용의료기관의 선정과 환급창구운영사업자의 환급 관련 절차 등에 한하여 필요한 사항은 보건복지부장관이 재정경제부장관과 협의하여 고시한다. <개정 2025.12.30>