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조세특례제한법 시행령 제12조 (주식양도차익 및 배당소득의 계산 등)

공식 조문

시행 · 2026-09-18공포 · 2026-08-18대통령령소관 · 재정경제부,행정안전부

이 법령의 취지

이 영은 「조세특례제한법」에서 위임된 사항과 동법의 시행에 관하여 필요한 사항을 규정함을 목적으로 한다. <개정 2005.2.19>

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공식 조문 첫 내용

①법 제13조제1항에 따라 법인세가 부과되지 아니하는 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 "주식등"이라 한다) 양도차익의 계산은 다음 각 호의 방법에 따른다.

임의로 해석하지 않고 공식 원문의 첫 단위를 그대로 표시합니다.

1. 공식 조문 원문

①법 제13조제1항에 따라 법인세가 부과되지 아니하는 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 "주식등"이라 한다) 양도차익의 계산은 다음 각 호의 방법에 따른다. <개정 2002.12.30, 2005.2.19, 2009.2.4, 2023.12.19>

1.법 제13조제1항 각 호의 방법으로 취득한 주식등과 다른 방법으로 취득한 주식등을 함께 보유하고 있는 벤처투자회사 또는 신기술사업금융업자(이하 이 조에서 "벤처투자회사등"이라 한다)가 보유주식등의 일부를 양도하는 경우에는 먼저 취득한 주식등을 먼저 양도한 것으로 본다.

2.벤처투자회사등이 취득한 주식등의 취득가액은 「법인세법 시행령」 제74조제1항제1호라목 또는 마목에 따른 방법 중 당해 기업이 납세지 관할세무서장에게 신고한 방법으로 계산한다.

3.법인세가 부과되지 아니하는 주식등 양도차익의 계산은 양도시기마다 구분 가능한 종목별로 다음 산식에 따른다.

┌─────────────────────────────┐

│ 총양도차익 × 법인세가 부과되지 아니하는 주식등의 수 │

│ ─────────────────────│

│ 양도주식등의 총수 │

└─────────────────────────────┘

</img>

②법 제13조제1항제4호에서 "대통령령으로 정하는 법인"이란 법률에 따라 설립된 기금을 관리ㆍ운용하거나 법률에 따라 공제사업을 영위하는 법인으로서 재정경제부령으로 정하는 법인을 말한다. <개정 2009.2.4, 2025.12.30>

③법 제13조제1항제7호에서 "대통령령으로 정하는 자"란 「벤처투자 촉진에 관한 법률」 제63조의2제1항제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다. <개정 2026.2.27>

④법 제13조제4항에 따라 법인세가 부과되지 아니하는 배당소득의 계산은 구분 가능한 종목별로 다음 산식에 따른다. <신설 2009.2.4, 2014.2.21, 2024.2.29>

┌────────────────────────────┐

│ 배당소득 × 법인세가 부과되지 아니하는 주식등의 수 │

│ ─────────────────────│

│ 보유하고 있는 주식등의 총수 │

└────────────────────────────┘

</img>

2. 확인된 조문 연결

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3. 인용 법령

상위 근거 조문 · 원문 인용

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조세특례제한법 법률

인용 조문 · §13

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조세특례제한법 시행규칙 재정경제부령

인용 조문 · §8의2

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4. 공식 판례·해석·제재 근거

판례 · 2건

양도소득세경정거부처분취소

구 조세특례제한법(2000. 12. 29. 법률 제6297호로 개정되기 전의 것. 이하 ‘구 조특법’이라고 한다) 제14조 제1항 제4호의 입법 취지, 관련 규정의 개정 연혁 및 체계 등에 비추어 보면, 구 조특법 제14조 제1항 단서가 말하는 ‘타인의 주식이나 출자지분을 양수하는 방법으로 출자하는 경우’란 결국 ‘출자에 의하여 최초로 주식 또는 출자지분을 취득하는 것이 아닌 경우’를 확인적으로 설명한 것으로 이해되므로, 구 조특법 제14조 제1항 제4호에서 말하는 ‘벤처기업에 출자함으로써 최초로 취득하는 주식’이란 ‘출자자의 지위에서 벤처기업으로부터 직접 취득하는 주식’을 의미한다고 봄이 타당하다. 따라서 개인이 벤처기업이 설립되는 때에 자본금을 납입하여 주식을 취득하여 보유하던 중 주식발행초과금의 자본전입에 따라 무상주가 발행되어 이를 취득하는 경우에는 그 무상주 역시 출자자의 지위에서 벤처기업으로부터 직접 취득한 주식에 해당하여 구 조특법 제14조 제1항 제4호에서 정한 양도소득세 과세특례의 적용대상이 된다. 주식발행초과금의 자본전입에 따라 무상주가 발행되더라도 주주의 입장에서는 원칙적으로 그가 가진 주식의 수만 늘어날 뿐이고 그가 보유하는 총 주식의 자본금에 대한 비율이나 실질적인 재산적 가치에 차이가 없다는 점에 비추어 보더라도 위와 같이 해석할 것이다.

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양도소득세신고시인결정통지취소

[1] 양도소득세 납세의무자가 기한후과세표준신고서를 제출하더라도 그 납세의무는 관할 세무서장이 양도소득 과세표준과 세액을 결정하는 때에 비로소 확정되는데, 과세관청이 납세의무자에 대하여 양도소득 과세표준과 세액이 기한후과세표준신고서를 제출할 당시 이미 자진납부한 금액과 동일하므로 별도로 고지할 세액이 없다는 내용의 신고시인결정 통지를 하였다면, 신고시인결정 통지는 구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것) 제45조의3 제3항이 정한 과세관청의 결정으로서 항고소송의 대상이 되는 행정처분에 해당한다. [2] 구 조세특례제한법(2007. 12. 31. 법률 제8827호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법’이라 한다) 제13조 및 제14조의 입법 취지는 벤처기업이 창업자금 및 신기술사업화 자금 등을 원활하게 공급받을 수 있도록 벤처기업에 투자하는 모험자본에 대한 과세특례를 부여하고자 함에 있으므로 구 조특법 제13조 제2항 각 호는 실제로 금전 등의 지출을 수반하거나 이에 준하는 방법으로 주식을 취득하는 새로운 출자를 규정한 것으로 이해된다. 그런데 자본잉여금의 자본전입에 따른 무상주는 기존 출자자로부터 새로이 금전 등의 납입을 받지 않고 단순히 보유주식에 비례하여 발행될 뿐이어서 기존 출자자는 그 무상주의 취득으로 인하여 종래의 지분비율에 아무런 영향을 받지 않는다. 만약 이러한 무상주의 취득을 새로운 출자로 본다면 기존 출자자가 보유한 주식의 실질적 가치는 그대로임에도 당초 과세특례의 적용대상인 주식 중 일부가 과세대상으로 전환되는 결과를 초래하게 되어 벤처기업에 투자하는 모험자본에 대한 과세특례를 규정한 취지에 반하게 된다. …

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