조세특례제한법 시행령 제99조 (신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면)
이 법령의 취지
이 영은 「조세특례제한법」에서 위임된 사항과 동법의 시행에 관하여 필요한 사항을 규정함을 목적으로 한다. <개정 2005.2.19>
1. 공식 조문 원문
①법 제99조제1항에 따른 양도소득세 과세대상소득금액에서 빼는 양도소득금액(이하 이 조에서 "감면대상 양도소득금액"이라 한다)은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한다. 이 경우 새로운 기준시가가 고시되기 전인 경우에는 직전의 기준시가를 적용한다. <개정 2016.2.5, 2016.5.10, 2017.5.8>
1.취득일부터 5년 이내에 양도하는 경우 감면대상 양도소득금액은 「소득세법」 제95조제1항에 따라 계산한다. 다만, 재개발ㆍ재건축되기 전의 주택(이하 이 조에서 "종전주택"이라 한다)을 재개발ㆍ재건축하여 취득한 법 제98조의3제2항 각 호에 따른 신축주택의 경우 감면대상 양도소득금액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.
<img src="http://www.law.go.kr/flDownload.do?flSeq=23608916" alt="img23608916" >
┌───────────────────────────────────────┐
│「소득세법」제95조제1항에 × 양도 당시 기준시가 - 신축주택 취득 당시 │
│따라 계산한 양도소득금액 기준시가 │
│ ────────────────────────┤
│ 양도 당시 기준시가 - 종전주택 취득 당시 │
│ 기준시가 │
└───────────────────────────────────────┘
</img>
2.취득일부터 5년 후에 양도하는 경우 감면대상 양도소득금액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.
<img src="http://www.law.go.kr/flDownload.do?flSeq=29709249" alt="img29709249" >
┌─────────────────────────────────────────────────┐
│「소득세법」 × 신축주택 취득일부터 5년이 되는 - 신축주택 취득 당시 │
│제95조제1항에 따라 계산한 날의 기준시가 기준시가 │
│양도소득금액 ──────────────────────────────────┤
│ 양도 당시 기준시가 - 신축주택 취득 당시 │
│ 기준시가(다만, 종전주택을 │
│ 재개발ㆍ재건축하여 취득한 │
│ 법 제98조의3제2항 각 호에 │
│ 따른 신축주택의 경우 │
│ 종전주택 취득 당시 │
│ 기준시가) │
└─────────────────────────────────────────────────┘
</img>
②법 제99조제1항제2호 단서에서 "대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택"이란 1998년 5월 21일이전에 주택건설사업자와 주택분양계약을 체결한 분양계약자가 당해 계약을 해제하고 분양계약자 또는 그 배우자(분양계약자 또는 그 배우자의 직계존비속 및 형제자매를 포함한다)가 당초 분양계약을 체결하였던 주택을 다시 분양받아 취득한 주택 또는 당해 주택건설사업자로부터 당초 분양계약을 체결하였던 주택에 대체하여 다른 주택을 분양받아 취득한 주택을 말한다. 다만, 재정경제부령이 정하는 사유에 해당하는 주택을 제외한다. <개정 2008.2.29, 2010.2.18, 2020.2.18, 2025.12.30>
③법 제99조제1항제2호에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다. <신설 1999.10.30, 2000.12.29, 2003.6.30, 2003.11.29, 2005.2.19, 2010.2.18>
1.「주택법」에 의한 주택조합 또는 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 정비사업조합(이하 이 조에서 "주택조합등"이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 "잔여주택"이라 한다)으로서 법 제99조제1항제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)내에 주택조합등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택
2.조합원이 주택조합등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합등이 조합원외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다.
④법 제99조제3항의 규정에 의하여 양도소득세의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 부동산의 양도일이 속하는 과세연도의 과세표준확정신고와 함께 재정경제부령이 정하는 세액감면신청서에 다음 각호의 1에 해당하는 서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 납세지 관할세무서장은 「전자정부법」 제36조제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통하여 해당 주택의 건축물대장을 확인하여야 한다(제3호의 경우는 제외한다). <개정 1999.10.30, 2008.2.29, 2010.11.2, 2025.12.30>
1.법 제99조제1항제1호의 주택의 경우에는 사용승인일 또는 사용검사일(임시사용승인일을 포함한다)을 입증할 수 있는 증빙서류
2.제3항제2호의 주택
가.주택조합등이 조합원외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실을 입증할 수 있는 증빙서류
나.제1호의 서류
3.기타의 주택
가.취득시의 주택매매계약서
나.계약금을 납부한 사실을 입증할 수 있는 증빙서류
2. 확인된 조문 연결
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4. 공식 판례·해석·제재 근거
판례 · 11건
전체 11건 →양도소득세경정거부처분취소
구 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것) 제99조의3 제1항, 제4항, 구 조세특례제한법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제99조의3 제2항, 제40조 제1항, 구 소득세법(2009. 12. 31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것) 제99조 제1항 제1호 (나)목, 소득세법 시행령 제164조 제3항 규정의 내용을 바탕으로, 구 조세특례제한법 시행령 제99조의3 제2항, 제40조 제1항에서 말하는 ‘신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액’을 산정하는 산식 ‘양도소득금액 × (취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)’ (이하 ‘이 사건 산식’이라 한다)는 전체 양도소득금액을 ‘취득일로부터 양도일까지의 기준시가 상승분’ 중 ‘취득일로부터 5년이 되는 날까지의 기준시가 상승분’이 차지하는 비율로 안분하여 양도소득세 과세특례대상인 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액을 추산하는 것이므로 그 타당성을 높이기 위해서는 취득일과 양도일 및 취득일로부터 5년이 되는 날의 각 기준시가는 각 시점이 속하는 연도의 기준시가를 적용하는 것이 바람직한 점, 소득세법 시행령 제164조 제3항은 취득일 또는 양도일에 그 연도의 기준시가가 고시되지 않은 경우 부득이 그 직전연도의 기준시가를 적용하도록 한 예외적 규정이므로 취득일로부터 5년이 되는 날에는 그 연도의 기준시가가 고시되지 않았더라도 사후에 그 연도의 기준시가를 알 수 있다면 위 규정을 유추·확대 적용할 것이 아닌 점 등을 고려하면, 이 사건 산식의 ‘취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가’는 취득일로부터 5년이 되는 날이 속한 연도의 기준시가를 적용하는 것이 타당하 …
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양도소득세경정신청거부처분취소
구 조세특례제한법(2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것) 제99조 제1항 제2호, 구 조세특례제한법 시행령(2003. 6. 30. 대통령령 제18044호로 개정되기 전의 것) 제99조 제3항 제1호(이하 ‘특례조항’이라 한다)는 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 그 이후에 양도하는 경우를 구분하여 전자에 대하여는 세액을 감면하고, 후자에 대하여는 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상 소득금액에서 차감하도록 명문으로 달리 규정하고 있는 점, 양자에 대하여 동일한 방법으로 양도소득세를 감면하여야만 특례조항의 입법 목적을 달성할 수 있다고 보기도 어려운 점, 그리고 조세법규에 대한 엄격해석의 원칙 등을 종합하여 보면, 특례조항에서 규정한 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 그에 따른 양도소득세의 과세표준 및 세액은 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 방법으로 산정하여야 하고, 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 마찬가지로 양도소득금액에 대한 세액을 감면하는 방법으로 산정할 것은 아니다.
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경정청구거부처분취소
재건축 신축주택을 5년 이내 양도하면 구주택 취득일부터 신축주택 취득일까지의 양도소득도 감면 대상이므로 일부 거부처분은 위법하다. 이를 판단한 판례입니다.
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양도세부과경정거부처분취소
구 조세특례제한법(2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법’이라 한다) 제99조 제1항 제2호(이하 ‘위 법률조항’이라 한다)는 양도소득세의 감면을 통하여 주택신축 및 분양을 장려함으로써 침체된 건설경기 및 부동산시장을 활성화하려는 데 입법 취지가 있다. 이러한 입법 취지와 문언 등에 비추어 볼 때 위 법률조항에서 정한 과세특례의 적용대상은 원칙적으로 신축주택을 주택건설업자로부터 ‘직접’ 취득한 거주자임이 분명하다. 그리고 구 조세특례제한법 제99조 제4항의 위임을 받은 구 조세특례제한법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것) 제99조 제1항, 제40조 제1항은 위 법률조항에 따라 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 ‘신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’을 다음의 산식 즉, ‘양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득 당시의 기준시가) / (양도 당시의 기준시가 - 취득 당시의 기준시가)’의 산식에 의하여 계산하도록 규정하고 있는데, 여기에서 말하는 ‘취득일’도 거주자가 신축주택을 주택건설업자로부터 ‘직접’ 취득한 날을 의미하는 것으로 해석함이 자연스럽다. 한편 소득세법 시행령 제163조 제9항에 의하면 거주자가 상속받은 자산을 양도하는 경우에는 상속개시일 당시 자산의 시가를 취득 당시의 실지거래가액으로 보아 양도차익을 산정하므로, 피상속인인 거주자가 신축주택을 주택건설업자로부터 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 사망한 경우에는 위 법률조항에서 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하도록 정한 ‘신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’은 상속인의 양도소득금액에 포함될 여지도 거의 없다. …
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종합부동산세등부과처분취소
[1] 구 조세특례제한법(2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것) 제99조의3 제1항 본문(이하 ‘특례조항’이라 한다)의 문언과 체계, 주택의 신축과 분양 및 거래를 장려하여 침체된 건설경기와 부동산시장을 활성화하려는 입법 취지 등에 비추어 보면, 특례조항은 신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도하면 양도소득세를 전액 감면하되, 그 후에 양도하는 경우에는 ‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’에 대해서만 제한적인 과세특례를 부여하려는 규정으로 이해된다. 따라서 특례조항 전단의 적용대상인 ‘신축주택 취득일부터 5년 이내 양도’의 경우에는 ‘기존 주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전까지의 양도소득’과 ‘신축주택의 취득일부터 양도일까지의 양도소득’을 구분할 필요 없이 신축주택의 양도에 따른 양도소득세 전액이 감면되어야 한다. [2] 구 조세특례제한법(2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제99조의3 제1항 본문(이하 ‘특례조항’이라 한다) 후단의 적용대상인 ‘신축주택 취득일부터 5년이 경과된 후의 양도’의 경우에는 특례조항 후단에서 ‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’의 구체적인 계산방법을 정하지 아니한 채 대통령령으로 정하도록 위임하고 있으므로(구 조세특례제한법 제99조의3 제4항), 그 위임에 따른 구 조세특례제한법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제99조의3 제2항, 제40조 제1항의 규정에 따라야 할 것이다. …
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종합소득세등부과처분취소
조세특례제한법 제106조 제1항 제4호(이하 ‘면세조항’이라 한다), 조세특례제한법 시행령 제106조 제4항 제1호, 제51조의2 제3항, 구 주택법(2016. 1. 19. 법률 제13805호로 전부 개정되기 전의 것) 제2조 제3호, 제1호, 제1호의2, 구 주택법 시행령(2016. 8. 11. 대통령령 제27444호로 전부 개정되기 전의 것) 제2조의2 제4호, 건축법 시행령 제3조의5 [별표 1] 제14호 (나)목 등의 문언·내용과 체계, 위 면세조항이 국민주택 규모 이하의 주택 공급에 대하여 부가가치세를 면제하는 취지, 주택과 오피스텔에 대한 각종 법적 규율의 차이, 특히 조세특례제한법령의 다른 규정에서 위 면세조항과 달리 ‘오피스텔’ 또는 ‘주거에 사용하는 오피스텔’이 ‘주택’에 포함된다고 명시하고 있는 점과의 균형 등을 종합하면, 특별한 사정이 없는 한 공급 당시 공부상 용도가 업무시설인 오피스텔은 그 규모가 주택법에 따른 국민주택 규모 이하인지 여부와 관계없이 위 면세조항의 ‘국민주택’에 해당한다고 볼 수 없다. 공급하는 건축물이 관련 법령에 따른 오피스텔의 요건을 적법하게 충족하여 공부상 업무시설로 등재되었다면, 그것이 공급 당시 사실상 주거의 용도로 사용될 수 있는 구조와 기능을 갖추었더라도 이를 건축법상 오피스텔의 용도인 업무시설로 사용할 수 있다. 위와 같은 경우 위 면세조항의 적용 대상이 될 수 없는 오피스텔에 해당하는지는 원칙적으로 공급 당시의 공부상 용도를 기준으로 판단하여야 한다. 나아가 해당 건축물이 공급 당시 공부상 용도가 업무시설인 오피스텔에 해당하여 위 면세조항에 따른 부가가치세 면제대상에서 제외된 이상 나중에 실제로 주거 용도로 사용되고 있더라도 이와 달리 볼 수 없다.
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법령해석 · 1건
5. 관련 별표·서식
별표 별표 12 · 고향주택 소재 지역 범위
구분 | 시 (26개) 충청북도 | 제천시 충청남도 | 계룡시, 공주시, 논산시, 보령시, 당진시, 서산시 강원특별자치도 | 동해시, 삼척시, 속초시, 태백시 전북특별자치도 | 김제시, 남원시, 정읍시 전남광주통합특별시 | 광양시, 나주시 경상북도 | 김천시, 문경시, 상주시, 안동시, 영주시, 영천시 경상남도 |…
제99조 제2항 관련 · 검증법제처 원문 →
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