제99조의4(농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례)
①법 제99조의4제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 1세대"란 「소득세법」 제88조제6호에 따른 1세대를 말한다. <개정 2009.2.4, 2010.12.30, 2017.2.7>
②법 제99조의4제1항제1호가목1)부터 4)까지 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 동"이란 별표 12에 따른 시 지역에 속한 동을 말한다. <신설 2016.2.5, 2026.2.27>
③법 제99조의4제1항제1호가목1) 단서에서 "대통령령으로 정하는 지역"이란 다음 각 호에 모두 해당하는 지역으로서 부동산가격동향 등을 고려하여 재정경제부령으로 정하는 지역을 말한다. <개정 2023.2.28, 2023.7.7, 2025.12.30>
1.「접경지역 지원 특별법」 제2조제1호에 따른 접경지역
2.「지방자치분권 및 지역균형발전에 관한 특별법」 제2조제12호에 따른 인구감소지역
④법 제99조의4제1항제1호가목2) 단서에서 "대통령령으로 정하는 지역"이란 다음 각 호에 모두 해당하는 지역으로서 부동산가격동향 등을 고려하여 재정경제부령으로 정하는 지역을 말한다. <신설 2023.2.28, 2023.7.7, 2025.12.30>
1.「지방자치분권 및 지역균형발전에 관한 특별법」 제2조제12호에 따른 인구감소지역
2.「기업도시개발 특별법」 제2조제2호에 따른 기업도시개발구역
⑤법 제99조의4제1항제1호가목5) 및 같은 항 제2호나목3)에서 "대통령령으로 정하는 지역"이란 「관광진흥법」 제2조에 따른 관광단지를 말한다. <개정 2005.2.19, 2009.2.4, 2016.2.5, 2017.2.7, 2023.2.28>
⑥법 제99조의4제1항제2호가목에서 "대통령령으로 정하는 고향"이란 다음 각 호의 요건을 모두 충족한 시 지역(이와 연접한 시지역을 포함하며, 다음 각 호의 요건을 모두 충족한 군 지역에 연접한 시 지역을 포함한다)을 말한다. 이 경우 등록기준지등 또는 거주한 사실이 있는 지역의 시ㆍ군이 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니한 경우에도 같은 시ㆍ군으로 본다. <신설 2009.2.4, 2016.2.5>
1.「가족관계의 등록 등에 관한 법률」에 따른 가족관계등록부(법률 제8435호「가족관계의 등록 등에 관한 법률」부칙 제4조에 따른 제적부 등을 포함하며, 이하 이 조에서 "가족관계등록부등"이라 한다)에 10년 이상 등재된 등록기준지(법률 제8435호「가족관계의 등록 등에 관한 법률」부칙 제2조로 폐지되기 전의 「호적법」에 따른 본적지 또는 원적지를 포함하며, 이 조에서 "등록기준지등"이라 한다)
2.10년 이상 거주한 사실이 있는 지역
⑦법 제99조의4제1항제2호나목 (1)에서 (3)까지의 규정 외의 부분에서 "취득당시 인구 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 시 지역"이란 별표 12에 따른 시 지역을 말한다. <신설 2009.2.4, 2016.2.5, 2021.1.5>
⑧법 제99조의4제6항 본문에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액"이란 일반주택을 양도한 시점에서의 당해 일반주택에 대한 「소득세법」 제104조의 규정에 의하여 계산한 세액을 말한다. <개정 2005.2.19, 2009.2.4, 2010.2.18, 2016.2.5, 2019.2.12>
⑨법 제99조의4제6항 단서에서 "대통령령으로 정하는 부득이한 사유"란 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 및 그 밖의 법률에 의한 수용(협의매수를 포함한다), 사망으로 인한 상속 또는 멸실의 사유로 인하여 당해 농어촌주택 또는 고향주택(이하 이 조에서 "농어촌주택등"이라 한다)을 3년 이상 보유하지 아니하게 되는 경우의 당해 사유를 말한다. <개정 2005.2.19, 2009.2.4, 2010.2.18, 2016.2.5, 2019.2.12>
⑩법 제99조의4에 따른 과세특례를 적용받으려는 자는 재정경제부령으로 정하는 과세특례신고서를 「소득세법」 제105조 또는 같은 법 제110조에 따른 양도소득세과세표준신고기한 내에 제출하여야 한다. 이 경우 납세지 관할세무서장은 「전자정부법」 제36조제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통하여 다음 각 호의 서류를 확인하여야 한다. <개정 2005.2.19, 2006.6.12, 2007.6.28, 2008.2.29, 2009.2.4, 2010.5.4, 2010.11.2, 2016.2.5, 2025.12.30>
1.일반주택의 토지대장 및 건축물대장
2.농어촌주택등의 토지대장 및 건축물대장
⑪법 제99조의4제1항제1호나목ㆍ다목 및 같은 항 제2호다목ㆍ라목에 따라 농어촌주택등의 면적 및 가액을 산정함에 있어서 일반주택의 양도일까지 농어촌주택등의 증축 또는 그 부수토지의 추가 취득이 있는 경우에는 당해 증가된 건물ㆍ토지의 면적 및 가액을 포함하여 계산한다. <개정 2009.2.4, 2016.2.5>
⑫농어촌주택등의 증축 또는 그 부수토지의 추가 취득이 있는 경우에 있어서 법 제99조의4제1항 및 같은 조 제4항에 따른 농어촌주택등의 보유기간은 당초 농어촌주택등의 취득일부터 기산하여 계산한다. <개정 2009.2.4, 2016.2.5>
⑬농어촌주택등의 보유기간 및 거주기간은 다음 각 호에 따라 계산한다. <개정 2019.2.12>
1.농어촌주택등의 증축 또는 그 부수토지의 추가 취득이 있는 경우에 법 제99조의4제1항 각 호 외의 부분에 따른 농어촌주택등취득기간 이내의 취득 또는 같은 항 제1호가목 및 제2호가목ㆍ나목에 따른 지역에 해당하는지 여부의 판정은 당초 농어촌주택등의 취득일을 기준으로 한다.
2.농어촌주택등에서의 거주기간은 주민등록표상의 전입일부터 전출일까지의 기간으로 한다.
3.농어촌주택등에서 거주하거나 보유하는 중에 소실ㆍ붕괴ㆍ노후 등으로 인하여 멸실되어 재건축한 주택인 경우에는 그 멸실된 주택과 재건축한 주택에 대한 거주기간 및 보유기간을 통산한다.
⑭법 제99조의4제1항제1호나목 및 같은 항 제2호다목에서 "대통령령으로 정하는 한옥"이란 각각 「건축법 시행령」 제2조제16호에 따른 한옥으로서 지방자치단체의 조례에 따라 건축비ㆍ수선비 지원, 보존의무 등의 대상으로 해당 지방자치단체의 장에게 등록된 한옥을 말한다. <신설 2014.2.21, 2016.2.5, 2021.2.17>