조세특례제한법 시행령 제66조 (자경농지에 대한 양도소득세의 감면)
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이 법령의 취지
이 영은 「조세특례제한법」에서 위임된 사항과 동법의 시행에 관하여 필요한 사항을 규정함을 목적으로 한다. <개정 2005.2.19>
1. 조문 원문
①법 제69조제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년[제3항의 규정에 의한 농지이양은퇴보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 「소득세법」 제1조의2제1항제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다. <신설 2001.12.31, 2002.12.30, 2003.12.30, 2005.2.19, 2006.2.9, 2006.4.28, 2008.2.22, 2009.6.26, 2010.2.18, 2012.2.2, 2013.2.15, 2015.2.3, 2016.1.22, 2024.3.26>
1.농지가 소재하는 시(특별자치시와 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역
2.제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역
3.해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역
②법 제69조제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 법인"이란 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제16조에 따른 영농조합법인 및 같은 법 제19조에 따른 농업회사법인을 말한다. <신설 2002.12.30, 2005.2.19, 2008.6.20, 2009.10.8, 2010.2.18>
③법 제69조제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 경영이양직접지불보조금"이란 「농산물의 생산자를 위한 직접지불제도 시행규정」 제4조에 따른 농지이양은퇴보조금을 말한다. <신설 2003.12.30, 2005.2.19, 2009.1.6, 2010.2.18, 2024.3.26>
④법 제69조제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 농지이양은퇴보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다. <개정 2002.12.30, 2003.12.30, 2005.2.19, 2006.2.9, 2006.4.28, 2008.2.22, 2008.2.29, 2009.6.26, 2010.2.18, 2011.6.3, 2012.2.2, 2013.2.15, 2016.1.22, 2024.3.26, 2025.12.30>
1.양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시{「지방자치법」 제3조제4항에 따라 설치된 도농(都農) 복합형태의 시의 읍ㆍ면 지역 및 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조제2항에 따라 설치된 행정시의 읍ㆍ면 지역은 제외한다}에 있는 농지중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.
가.사업시행지역 안의 토지소유자가 1천명 이상이거나 사업시행면적이 재정경제부령으로 정하는 규모 이상인 개발사업(이하 이 호에서 "대규모개발사업"이라 한다)지역(사업인정고시일이 같은 하나의 사업시행지역을 말한다) 안에서 대규모개발사업의 시행으로 인하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우
나.사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그 밖에 재정경제부령으로 정하는 공공기관인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 재정경제부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우
다.「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역에 편입된 농지로서 편입된 후 3년 이내에 대규모개발사업이 시행되고, 대규모개발사업 시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우(대규모개발사업지역 안에 있는 경우로 한정한다)
2.「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 이전에 농지 외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지. 다만, 환지처분에 따라 교부받는 환지청산금에 해당하는 부분은 제외한다.
⑤제4항의 규정을 적용받는 농지는 「소득세법 시행령」 제162조에 따른 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 따른다. <개정 2000.12.29, 2001.12.31, 2002.12.30, 2003.12.30, 2005.2.19, 2012.2.2, 2016.2.5>
1.양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우: 매매계약일 현재의 농지 기준
2.환지처분 전에 해당 농지가 농지 외의 토지로 환지예정지 지정이 되고 그 환지예정지 지정일부터 3년이 경과하기 전의 토지로서 토지조성공사의 시행으로 경작을 못하게 된 경우: 토지조성공사 착수일 현재의 농지 기준
3.「광산피해의 방지 및 복구에 관한 법률」, 지방자치단체의 조례 및 지방자치단체의 예산에 따라 광산피해를 방지하기 위하여 휴경하고 있는 경우: 휴경계약일 현재의 농지 기준
⑥「소득세법」 제89조제1항제2호 및 법 제70조의 규정에 의하여 농지를 교환ㆍ분합 및 대토한 경우로서 새로이 취득하는 농지가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의한 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우에 있어서는 교환ㆍ분합 및 대토전의 농지에서 경작한 기간을 당해 농지에서 경작한 기간으로 보아 제1항 본문의 규정을 적용한다. <개정 2002.12.30, 2003.12.30, 2005.2.19, 2006.2.9, 2010.2.18>
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⑦법 제69조제1항 단서에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 「소득세법」 제95조제1항에 따른 양도소득금액(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 계산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. 이 경우 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우에는 보상가액 산정의 기초가 되는 기준시가를 양도 당시의 기준시가로 보며, 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득하거나 양도한 경우 또는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날이 도래하는 경우에는 직전의 기준시가를 적용한다. <개정 2001.12.31, 2005.2.19, 2008.12.31, 2010.2.18, 2015.2.3> ', '<img src="http://www.law.go.kr/flDownload.do?flSeq=22000033" alt="img22000033" >', '┌───────────────────────────────────────┐', '│양도소득금액 × ( 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 - 취득 당시 ) │', '│ 지정을 받은 날의 기준시가 기준시가 │', '│ ──────────────────────────── │', '│ 양도 당시 - 취득 당시 │', '│ 기준시가 기준시가 │', '└───────────────────────────────────────┘', '</img>']]
⑧법 제69조제2항에서 "대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우"란 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다. <신설 2002.12.30, 2010.2.18>
1.당해 토지를 취득한 날부터 3년 이내에 휴업ㆍ폐업하거나 해산하는 경우
2.당해 토지를 3년 이상 경작하지 아니하고 다른 용도로 사용하는 경우
⑨법 제69조제3항의 규정에 의하여 양도소득세의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 농지를 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)와 함께 재정경제부령이 정하는 세액감면신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도한 경우에는 당해 양수인과 함께 세액감면신청서를 제출하여야 한다. <개정 2000.1.10, 2001.12.31, 2002.12.30, 2008.2.29, 2025.12.30>
⑩제9항 후단의 규정에 의한 세액감면신청서를 접수한 당해 세무서장은 제2항의 규정에 의한 법인의 납세지 관할세무서장에게 이를 즉시 통지하여야 한다. <신설 2002.12.30, 2003.12.30>
⑪제4항의 규정에 따른 경작한 기간을 계산할 때 상속인이 상속받은 농지를 1년 이상 계속하여 경작하는 경우(제1항 각 호의 어느 하나에 따른 지역에 거주하면서 경작하는 경우를 말한다. 이하 이 항 및 제12항에서 같다) 다음 각 호의 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다. <신설 2006.2.9, 2009.2.4, 2010.2.18, 2010.12.30, 2011.6.3, 2012.2.2>
1.피상속인이 취득하여 경작한 기간(직전 피상속인의 경작기간으로 한정한다)
2.피상속인이 배우자로부터 상속받아 경작한 사실이 있는 경우에는 피상속인의 배우자가 취득하여 경작한 기간
⑫제11항에도 불구하고 상속인이 상속받은 농지를 1년 이상 계속하여 경작하지 아니하더라도 상속받은 날부터 3년이 되는 날까지 양도하거나 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 경우로서 상속받은 날부터 3년이 되는 날까지 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역으로 지정(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말한다)되는 경우(상속받은 날 전에 지정된 경우를 포함한다)에는 제11항제1호 및 제2호의 경작기간을 상속인이 경작한 기간으로 본다. <신설 2009.2.4, 2010.2.18, 2010.12.30, 2011.8.30, 2025.12.30>
1.「택지개발촉진법」 제3조에 따라 지정된 택지개발지구
2.「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제6조ㆍ제7조ㆍ제7조의2 또는 제8조에 따라 지정된 산업단지
3.제1호 및 제2호 외의 지역으로서 재정경제부령으로 정하는 지역
⑬법 제69조제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다. <신설 2006.2.9, 2009.2.4, 2012.2.2, 2015.2.3, 2016.2.5>
1.거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하는 것
2.거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것.
⑭제4항ㆍ제6항ㆍ제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자 각각에 대하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 과세기간이 있는 경우 그 기간은 해당 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다. <신설 2014.2.21, 2016.2.5, 2017.2.7, 2020.2.11>
1.「소득세법」 제19조제2항에 따른 사업소득금액(농업ㆍ임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외하며, 이하 이 항에서 "사업소득금액"이라 한다)과 같은 법 제20조제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천700만원 이상인 과세기간이 있는 경우. 이 경우 사업소득금액이 음수인 경우에는 해당 금액을 0으로 본다.
2.「소득세법」 제24조제1항에 따른 사업소득 총수입금액(농업ㆍ임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외한다)이 같은 법 시행령 제208조제5항제2호 각 목의 금액 이상인 과세기간이 있는 경우
2. 조문 관계도
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3. 위계·연결 법령
상위 위임 법령
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하위 위임 규정 · 이 조문
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4. 연결 자산
판례 · 3건
양도소득세부과처분취소
甲이 1993. 5. 4. 취득한 토지가 2005. 6. 27. 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의하여 주거지역으로 편입되었는데, 위 토지 일대가 2006. 7. 21. 택지개발예정지구로 지정·고시된 후 甲이 2009. 3. 6. 토지를 양도하면서 구 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법’이라고 한다) 제69조 제1항에 의한 자경농지 양도소득세 감면대상이라고 신고하였으나 과세관청이 위 토지가 감면대상이 아니라는 이유로 양도소득세 부과처분을 한 사안에서, 위 토지는 개발사업이 시행되기 전에 이미 주거지역에 편입된 후 그로부터 3년이 지나 양도되었을 뿐, 개발사업의 시행으로 인하여 주거지역에 편입된 농지에 해당하지 아니하므로, 구 조세특례제한법 시행령(2009. 6. 26. 대통령령 제21565호로 개정되기 전의 것) 제66조 제4항 제1호에서 정한 양도소득세 감면대상에서 제외되는 농지로 보아야 한다는 이유로, 구 조특법 제69조 제1항 본문의 양도소득세 감면을 적용하지 아니한 처분이 적법하다고 본 원심판단이 정당하다고 한 사례.
제66조 제4항 제1호 근거 · 검증판례 상세 →
양도소득세부과처분취소
구 조세특례제한법 시행령(2008. 12. 31. 대통령령 제21214호로 개정되기 전의 것) 제66조 제7항의 자경농지에 대한 양도소득세 감면대상이 되는 소득을 산정하는 산식인 ‘소득세법 제95조 제1항의 양도소득금액(이하 ‘양도소득금액’이라 한다) × (주거지역 등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)’(이하 ‘이 사건 산식’이라 한다)은 전체 양도소득금액을 ‘취득시부터 양도시까지의 기준시가 상승분’ 중 ‘취득시부터 주거지역 등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날(이하 ‘편입시’라 한다)까지의 기준시가 상승분’이 차지하는 비율로 안분하여 양도소득세 면제대상인 취득시부터 편입시까지의 양도소득금액을 추산하는 것이므로 그 타당성을 높이기 위해서는 취득시와 양도시 및 편입시의 각 기준시가는 그 각 시점이 속하는 연도의 개별공시지가를 적용하는 것이 바람직한 점, 소득세법 시행령 제164조 제3항은 취득시 또는 양도시에 그 연도의 개별공시지가가 고시되지 않은 경우 부득이 그 직전연도의 개별공시지가를 적용하도록 한 예외적 규정이므로 편입시에는 그 연도의 개별공시지가가 고시되지 않았더라도 사후에 그 연도의 개별공시지가를 알 수 있다면 위 규정을 유추·확대적용할 것이 아닌 점 등을 고려하면, 이 사건 산식에서 ‘편입시의 기준시가’는 편입시가 속한 연도의 개별공시지가를 적용하는 것이 타당하고, 편입시에 그 연도의 개별공시지가가 고시되지 아니하였다는 이유로 그 직전연도의 개별공시지가를 적용할 것은 아니다.
제66조 제7항 근거 · 검증판례 상세 →
양도소득세 부과처분 취소
자경농지 양도소득세 감면액 산정 시 개별공시지가는 편입된 해당 연도 기준이며, 미고시를 이유로 직전 연도 공시지가를 적용할 수는 없다고 본 판례입니다.
제66조 제7항 근거 · 검증판례 상세 →
법령해석 · 2건
경기도 김포시 - 「조세특례제한법」 제69조제1항 단서(「택지개발촉진법」에 따른 실시계획 승인으로 용도지역이 변경된 자경농지에 대한 「조세특례제한법」 제69조제1항 단서의 적용 여부) 관련
「택지개발촉진법」에 따른 실시계획 승인으로 농지가 주거지역으로 편입되었으므로 「조세특례제한법」 제69조제1항 단서에 따라 주거지역으로의 편입 시점부터 양도 시점까지에 상당한 일부 양도소득에 대한 양도소득세 감면을 배제하여야 합니다.
제66조 제7항 근거 · 검증법령해석 상세 →
광주광역시 - 「지방세법」(2006. 12. 28. 법률 제8099호로 개정되기 전의 것) 제109조제1항 및 제2항(부재부동산 소유자) 관련
「지방세법」(2006. 12. 28. 법률 제8099호로 개정되기 전의 것) 제 109조제1항 본문의 계약일로부터 약 8년 전에 실시된 행정구역 변경으로 같은 조 제2항 및 같은 법 시행령 제79조의3제2항의 부재부동산 소유자에 해당하게 된 경우에는 취득세가 면제되지 아니합니다.
「조세특례제한법 시행령」 제66조 인용 · 검증법령해석 상세 →
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자주 묻는 질문
조세특례제한법 시행령 제66조는 언제 시행된 조문입니까?
이 조문은 2026-07-01 시행된 조세특례제한법 시행령에 따른 현행 조문입니다.
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제60의2조 · 수도권 밖으로 본사를 이전하는 법인에 대한 세액감면 등제61조 · 농공단지입주기업 등에 대한 세액감면제63조 · 영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등제64조 · 영어조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등제65조 · 농업회사법인에 대한 세액 감면 등
이 법 전체 목차 348개 보기제66조 · 자경농지에 대한 양도소득세의 감면지금 보는 조문
제66의2조 · 축사용지에 대한 양도소득세의 감면제66의3조 · 어업용 토지등에 대한 양도소득세의 감면제66의4조 · 자경산지에 대한 양도소득세의 감면제67조 · 농지대토에 대한 양도소득세 감면요건 등제67의2조 · 경영회생 지원을 위한 농지 매매 등에 대한 양도소득세 과세특례법제처 원문 대조
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