조사사무처리규정 제50조 (법인세 등의 통합조사 및 동시조사)

공식 조문
시행 · 2026-04-20훈령소관 · 국세청

이 법령의 자료

이 법령의 취지

이 규정은 세무조사의 기본적인 사항과 사무처리 절차를 규정함으로써 「국세기본법」, 각 세법 및 관계법령에서 정한 바에 따라 적법하고 공정ㆍ투명한 조사사무의 집행을 통하여 납세자의 권익보호와 세법질서의 확립 및 효율적인 사무처리에 기여함을 목적으로 한다.

1. 조문 원문

법인에 대하여 법인세 일반세무조사 또는 조세범칙조사를 하는 때에는 「국세기본법」 제81조의11제2항, 제3항 및 같은 법 시행령 제63조의12제1항에 해당하는 경우를 제외하고는 법인의 사업과 관련하여 신고ㆍ납부의무가 있는 세목에 대하여 통합조사를 실시함을 원칙으로 한다.
법인에 대한 통합조사를 실시함에 있어 조사대상 과세기간에 주식변동사항에 대한 탈루혐의가 있는 경우(조사대상 과세기간이 아닌 사업연도가 주식변동 조사대상으로 선정된 경우를 포함한다) 또는 그 법인의 최대주주(특수관계자를 포함한다)가 자금출처 조사대상으로 이미 선정되어 있는 경우에는 주식변동조사 또는 자금출처조사를 동시에 실시한다. 다만, 효율적인 조사운영 또는 긴급히 조사를 실시하여야 할 필요가 있는 등의 경우에는 주식변동조사를 별도로 실시할 수 있다.
법인세 납세지 이외의 주된 사업장(수입금액이 제일 큰 사업장. 다만, 제조 또는 판매활동 등 주된 영업활동의 대부분이 이루어지고 있는 별도의 사업장이 있는 경우에는 그 사업장)에 대하여 관할 관서장이 법인세 이외의 세목(부가가치세, 개별소비세, 주세, 원천세 등. 이하 이 조에서 "부가가치세등"이라 한다)에 탈루혐의가 있어 조사대상으로 선정하고자 하는 경우로서 탈루혐의 범위 및 규모 등으로 보아 통합조사가 필요하다고 인정되는 때에는 그 사유를 덧붙여 지방국세청장(관할 지방국세청을 달리하는 사업장이 있는 경우에는 국세청장. 이하 이 조에서 "지방국세청장"이라 한다)의 승인을 받아 통합조사를 실시할 수 있다.
제2항에 따른 동시조사 및 제3항에 따른 통합조사를 실시하는 경우로서 조사관할 조정이 필요한 때에는 제5조제2항에 따라 관할조정을 하여야 한다.
사업장 관할 관서장이 부가가치세 등 세목별 조사를 실시하고자 하는 때에는 그 법인의 법인세 조사대상 선정 여부를 지방국세청장에게 조회하여 다음 각 호와 같이 처리한다.1.법인세 조사대상자로 선정되어 있는 경우에는 부가가치세등의 탈루 혐의를 법인세 조사관할 관서장에게 통보하여 통합조사하도록 한다. 다만, 탈루행태나 조사의 긴급성 등으로 해당 세목만을 조사할 필요가 있다고 판단되는 경우에는 지방국세청장의 승인을 받아 사업장 관할 관서장이 조사할 수 있으며 국세청장 또는 지방국세청장이 주관하는 일제조사나 업종별조사 등의 경우에는 지방국세청장의 승인을 받지 아니하고 사업장 관할 관서장이 부가가치세등의 조사를 실시할 수 있다.2.법인세조사 대상자로 선정되어 있지 아니한 경우에는 사업장 관할 관서장이 조사를 실시한다.
법인에 대한 통합조사를 실시하는 경우에는 법인세 및 부가가치세 등의 조사대상 과세기간은 사업연도 단위로 한다. 다만, 부가가치세 등의 조사대상 과세기간이 법인세와 다른 경우 또는 과세정상화 등 세원관리를 위해 필요한 경우에는 부가가치세 등의 조사대상 과세기간을 확대하여 실시할 수 있다.

2. 조문 관계도

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3. 연결 자산

4. 위계·연결 법령

상위 위임 법령

이 법령이 위임의 근거로 삼는 상위 법령입니다. 이 조문의 구체적 내용은 아래 상위 법령에서 위임받아 정해집니다.

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자주 묻는 질문

조사사무처리규정 제50조는 언제 시행된 조문입니까?

이 조문은 2026-04-20 시행된 조사사무처리규정에 따른 현행 조문입니다.

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