제139조(최초적용연도의 총이연법인세조정금액의 산정 등)
①법 제81조제1항에 따라 최초적용연도와 그 후 사업연도의 총이연법인세조정금액을 산정할 때 산입하는 이연법인세자산 및 이연법인세부채에 대해서는 해당 이연법인세자산 및 이연법인세부채의 산정에 적용되는 세율과 최저한세율 중 낮은 세율을 적용한다. <개정 2025.2.28, 2026.2.27>
②제1항에도 불구하고 최저한세율보다 낮은 세율이 적용된 이연법인세자산으로서 그 발생 사업연도에 글로벌최저한세제도가 적용되었다고 가정할 경우 해당 이연법인세자산이 글로벌최저한세결손으로 인하여 발생하였을 것임을 해당 다국적기업그룹이 소명하는 경우에는 해당 이연법인세자산에 최저한세율을 적용하여 다시 계산할 수 있다. <개정 2025.2.28>
③제1항에 따른 최초적용연도와 그 후 사업연도의 총이연법인세조정금액을 산정할 때에는 다음 각 호의 기준에 따른다. <개정 2025.2.28, 2026.2.27>
1.제112조제1항제1호의2나목3)에 따른 이월 세액공제 금액으로 인하여 발생하는 이연법인세자산은 다음 각 목의 구분에 따라 처리한다. 이 경우 다음 각 목에 따라 다시 계산함으로 인한 이연법인세자산 금액의 변동은 총이연법인세조정금액의 계산에 산입하지 않는다.
가.해당 이연법인세자산의 산정에 적용되는 세율이 최저한세율 이상인 경우: 해당 이연법인세자산 금액에 최저한세율을 해당 이연법인세자산의 산정에 적용되는 세율로 나눈 비율을 곱하여 다시 계산
나.해당 이연법인세자산의 산정에 적용된 세율이 최초적용연도 이후 변경(최저한세율 이상의 세율이 유지되는 경우로 한정한다)되는 경우: 변경된 세율이 적용되기 직전의 회계상 잔존 이연법인세자산 금액에 최저한세율을 변경된 세율로 나눈 비율을 곱하여 다시 계산
2.최초적용연도 전 사업연도에 발생하였으나 회계기준에 따라 과세소득 발생 가능성이 높지 않은 것으로 판단되어 최초적용연도 개시일에 회계상 이연법인세자산으로 계상되지 않은 것도 법 제81조제1항에 따른 이연법인세자산에 포함한다.
3.최초적용연도 전 사업연도에 발생한 비적격환급가능세액공제가 최초적용연도에 세액공제 또는 현금지급으로 정산되는 경우에는 제110조제2호나목 본문에도 불구하고 그 금액을 해당 사업연도의 대상조세에서 차감하지 않는다.
4.법 제81조제1항이 적용되는 이연법인세부채에 대해서는 법 제67조제3항을 적용하지 않는다.
5.다음 각 목의 이연법인세자산 및 이연법인세부채는 총이연법인세조정금액의 계산에 산입하지 않는다.
가.통합형피지배외국법인과세제도에 따른 이연법인세자산 및 이연법인세부채
나.2021년 12월 1일부터 최초적용연도 개시일 전날까지의 거래(재정경제부령으로 정하는 정부조치 및 이와 유사한 것을 포함한다)에서 발생한 이연법인세자산으로서 법 제66조에 따라 글로벌최저한세소득ㆍ결손의 계산에서 제외되는 항목에 대한 이연법인세자산(재정경제부령으로 정하는 경제적 비용ㆍ손실이 아닌 항목과 관련된 이연법인세자산을 포함한다)
다.2021년 12월 1일 이후 최초적용연도 개시일 전일까지의 기간 중 법인세제가 신규 도입되는 경우에 자산 또는 부채의 장부가액과 세무상 가액의 차이로 인해 발생하는 이연법인세자산 및 이연법인세부채
6.제5호다목에도 불구하고 최초적용연도 개시일에 계상된 결손과 관련된 이연법인세자산 중 해당 법인세제가 시행되는 첫 번째 사업연도의 직전 5개 사업연도 중 발생한 결손에 상당하는 것은 총이연법인세조정금액의 계산에 산입한다.
7.제5호나목 및 다목에 해당하는 이연법인세자산이 환원되는 경우에는 이연법인세자산의 환원 금액의 범위에서 재정경제부령으로 정하는 바에 따라 총이연법인세조정금액에 산입할 수 있다. 다만, 해당 각 사업연도의 총이연법인세조정금액에 산입하는 환원 금액의 합계는 이연법인세자산 금액(해당 이연법인세자산의 산정에 적용되는 세율이 최저한세율 이상인 경우, 제1호가목에 따라 다시 계산한 금액을 말한다)의 100분의 20을 초과할 수 없다.
④제1항부터 제3항까지에서 규정한 사항 외에 최초적용연도 총이연법인세조정금액의 산정 등 최초적용연도 실효세율의 계산에 필요한 세부사항은 재정경제부령으로 정한다. <개정 2025.12.30>